當代哲學研究者與瑜伽學者，根據考證與傳說，想象並描述了瑜伽的萌生過程：在喜馬拉雅山的一側，有一座高達8000米的聖母山，那裏有許多隱修者，他們通過靜坐苦修，很多人修成聖人，於是開始有一部分人羨慕並追隨他們，這些聖人就以口訣的方式將修煉祕法傳授給追隨者，這就是最初的瑜伽行者。
初期的瑜伽行者都是苦修者，常年在冰雪覆蓋的喜馬拉雅山腳下向大自然挑戰。要想長壽而健康的活下去，就必須面對“疾病”、“死亡”、“肉體”、“靈魂”及人與宇宙的關係，他們仔細觀察動物，看它們如何適應自然的生活，如何實施有效的呼吸、攝取食物、排泄、休息、睡眠以及克服疾病，根據這些觀察，結合人類的身體結構、各個系統，這就是瑜伽體位法產生的淵源；
同時他們解析精神如何左右健康，探索出控制心理的手段，追求使身體、心靈和自然和諧統一的方法，從而開發人體潛能、智慧和靈性，這便是瑜伽靜坐冥想法的緣起。
開始時，瑜伽行者侷限於在喜馬拉雅山洞穴和茂密森林中心地帶修持，後擴展到寺院、鄉間小舍。當瑜伽的修持者在深沉的靜坐中進入最深層次時，就會獲得個體意識與宇宙意識的結合，喚醒內在沉睡的能量，得到開悟和最大愉悅，從而使瑜伽具備了強大的生命力與吸引力，逐步在印度普通人中間流傳開來。
現代學者將瑜伽的發展歷史分爲以下幾個時期
1 .原始時期：公元前2500—3000年，印度修行者在原始森林從動物身上參悟瑜伽的修持方法，在梧桐山谷，主要以密傳得方式，歷1000年的演變，文字記載少，以靜坐、冥想及苦行的形式出現。此時的瑜伽爲密教瑜伽。印度河文明時期，印度次大陸有一羣原住民在大地四處遊蕩，萬物給他們無限靈感，舉行復雜嚴肅的儀式，祭祀神靈，以此叩問生命的真相，對性力的崇拜，特異功能、長生是密教瑜伽的特徵。
傳統意義上的瑜伽是一種針對內心靈魂的修持術，瑜伽的發展一直伴隨着印度宗教的歷史演變，瑜伽的內涵隨着歷史的發展不斷的發展和豐富起來。
2.
吠陀時期：瑜伽最初的概念出現
15世紀—8世紀，遊牧民族雅利安人入侵，加劇了印度土著文明的衰落，帶來了婆羅門文化，其宗教經典《吠陀》中首次提出了瑜伽的概念，將瑜伽定義爲“
約束”或“戒律”，但無體式，在其最後一部經典
中,將瑜伽作爲一種自我約束的方法，也包括了呼吸控制的一些內容，當時是信奉神的教士們爲了更好的唱誦而產生的。吠陀瑜伽修習的目標開始有主要基於肉體練習來達到自我解脫，而過渡到證悟梵我合一的宗教哲學高度。
3 .前經典時期：
成爲修行的方式
公元前6世紀（內觀）13世紀在印度消亡，穆斯蘭教入侵，迫信義斯蘭教,公元前8世紀—公元前5世紀，在宗教經典《奧義書》中，無體式，指一種可以徹底擺脫痛苦的籠統的修行方法，在此有兩種瑜伽流派盛行，即：業、智瑜伽。業瑜伽強調宗教儀式，智瑜伽着重對宗教典籍的學習和理解。兩種修煉方式均可使人最終達到解脫的境界。4 .經典時期：重要的瑜伽經典出現
公元前5世紀—公元2世紀，兩部經典著作《博伽梵歌》、《瑜伽經》。《博伽梵歌》起源於《奧義書》，主要講各種與神性的溝通方式，其內容包裹王瑜伽、奉愛瑜伽、業瑜伽、智瑜伽。《瑜伽經》講通過精神上的淨化獲得身、心、靈平衡的狀態，它將瑜伽定義爲一種抑制心念多變的修行方式。即：數論思想與瑜伽派修持理論之大成，嚴守八支分法，以獲得解脫，迴歸真實的自我狀態。八支分法即：“習練瑜伽的八個步驟；自律、精進、靜坐、調息、制感、執持、禪定、三摩地。”它是王瑜伽的中心，用於獲得開悟的途徑。
5.後經典時期：現代瑜伽蓬勃發展時期
公元2世紀—公元19世紀，對現代瑜伽影響深厚的密教（坦多羅），他認爲終極自由只有通過嚴格的苦行和冥想才能得到，利用對女神的崇拜，最終獲得自由，他們認爲事物都有相對性和兩重性（善與惡、熱與冷、陰與陽），從痛苦中解脫的唯一途徑是，將身體中所有的相對性和兩重性連接並融合起來。帕坦伽利-雖然強調了鍛鍊身體並淨化的必要性，但同時認爲人體是不潔淨的，一個真正開悟的瑜伽士，會盡量擺脫人羣的陪伴，以避免受到污染。但（坦多羅）瑜伽派十分欣賞人的身體，認爲溼婆神存在於人的身體中，並認爲自然萬物的本源是性力，就位於脊柱骨的下方。世界並不是一個幻覺，而是神性的證明，人們可以通過對世界的體驗，更接近神性。他們更偏向象徵性的方式使男女能量結合，他們依賴艱苦的瑜伽體位來喚醒體內的女性力量，並從身體中提煉出開，後將她與位於頭頂的男性力量結合，他們比任何瑜伽士更尊重女性。
6．哈他瑜伽的歷史
公元19世紀—公元21世紀（至今），哈他瑜伽只是後經典時期一個很小的不太重要的瑜伽流派，但也是當代最受西方世界歡迎的瑜伽流派，由於迷戀於身體和神通修煉，在當時的印度教中多少有點異端的嫌疑，它的理論起源於坦多羅瑜伽，同時還吸取了佛教、鍊金術和溼婆教的因素，哈他瑜伽是也相信事物的正反相對，如：男和女、熱和冷、快樂和悲傷，所引起的疾病、痛苦和誤解。哈他瑜伽的“哈”指太陽，“他”指月亮。哈他就是太陽和月亮的結合，意味着相輔相成，哈他瑜伽對兩性結合興趣並沒有像坦多羅瑜伽那麼大，它更熱衷於將肉身轉化爲微妙的神聖身體，從而得到開悟。
在整個後經典時期，哈他瑜伽都是一個邊緣性的流派，但產生了數量驚人的專著，其中哈他瑜伽之光，描述了16種體式，大多數是蓮花式的變體，介紹了多種潔淨法，8種調息技巧和多種特殊的收束法。另一著作是《溼婆本集》，它強調即使是一個普通人（男性）也可以練習瑜伽，它列出了一套複雜的生命體系，命名了84
種不同的瑜伽體式，還描述了5種具體的生命氣和控制這些生命氣的具體技巧，它主張練習瑜伽，不僅可以治病，也可以獲得神祕的超能力。
當今最流行的瑜伽形式——哈他瑜伽的體式，最早是促進健康和改變外表爲重點而出現在我們的文化中的，但是隨着練習者對瑜伽的逐步深入，他們通過瑜伽所獲得的身體協調性和柔韌性會使其進入生命中更深入、更精神化的境界，身、心、靈的統一，成爲他們追求的最終目標。