腦血栓治療按發病時期及病情程度大致可分爲三個階段：急性發作期治療、恢復期治療和後遺症期治療。腦血栓每個階段的治療重點不同，患者及家屬掌握不同時期的科學防治方法，對治癒腦血栓：在改善症狀的同時防止腦血栓復發將達到事半功倍的效果。
（一）腦血栓急性發作期的用藥
腦血栓急性發作期多住院治療，時間爲半個月至一個月內，以挽救生命爲目的。急性發作期以西藥治療爲主，因爲西藥具有起效快、有治療針對性的優點。常見治療西藥包括：尿激酶溶解血栓的治療，應用此類藥如能溶解栓子是最理想的，但前提是在病人得病後6小時內進行有效；低分子右旋糖酐改善微循環、擴充血容量的治療，目前此類藥用的較多，但心臟病病人應慎用；此外還有抗凝治療等。腦血栓急性發作期的給藥途徑多采取輸液治療，因爲靜脈輸液能夠使藥物迅速作用於病竈，起到挽救患者生命的作用，所以在腦血栓患者病情緊急，需要儘快將藥物送入體內，或病人昏迷及其他情況導致不能口服藥物時應輸液治療，一般輸液一個療程後，過了急性期則應以口服用藥爲主，以避免靜脈炎、輸液過快導致心力衰竭等等輸液不良反應的發生。科學的治療原則應該是：能口服的藥物不要肌肉注射；能肌肉注射的藥物就不要靜脈輸液。
外科手術治療腦血栓，如頸動脈內膜切除術、顱內外動脈吻合術、開顱減壓術等對急性腦梗死病人也有一定療效，可以提高患者的近期成活率，但遠期效果往往不及近期。手術治療腦血栓，其療效、死亡率及致殘率都未形成統一結論，故除幾種特殊腦血栓症型（大面積腦梗死和小腦梗死而有腦疝徵象者宜進行開顱減壓治療）外，多不採用手術治療。腦血栓急性發作住院期間的具體治療方法，還應針對相應病症遵醫囑進行。
（二）腦血栓恢復期的用藥
腦血栓發病一年內爲恢復期，是最佳的二級預防時期，這個時期多數患者改善最快、效果最佳。腦血栓恢復期以口服用藥爲主要治療方法，輔以功能訓練，飲食調節等綜合性措施。只有堅持可靠用藥，才能對腦血栓誘因動脈粥樣硬化斑塊形成、血液粘度高等基礎病變進行有效治療，防止動脈硬化血栓再次形成；改善腦組織供血供氧量，爲腦組織創造一個良好的內環境，恢復腦神經系統，使由其控制的運動、語言神經系統體徵得到改善。恢復期治療目的就是改善頭暈頭痛、肢體麻木、語言不利等症狀，使之達到最佳狀態，並降低腦血栓的高複發率。
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