小兒秋季腹瀉發病年齡以6個月---3歲最多見。秋季腹瀉的病原體有輪狀病毒、ECHO病毒、柯薩奇病毒，引起秋季腹瀉的主要禍首是輪狀病毒。
消化系統不成熟 嬰幼兒消化系統發育不成熟，酶的活性較差，但營養需要相對又高，腸道負擔重。如果餵養不當，如過多地加喂澱粉類、脂肪類食物，導致成分改變，或者一次進食過多等，都可引起消化功能的紊亂，導致腹瀉。
免疫功能不成熟 嬰幼兒時期的神經系統、內分泌系統、循環系統以及肝、腎功能均未成熟，調節機能較差，免疫功能也不夠成熟，當有病原菌隨受污染的食物進入體內後，易造成腹瀉。
輪狀病毒感染 嬰兒秋季腹瀉主要由於輪狀病毒感染所引起(致病微生物可隨污染的食物或水進入寶寶消化道)，這種情況多發生於人工餵養兒，餵養時所用的器皿或食物如不經過消毒或消毒不佳，即有感染的可能。病毒也可通過呼吸道或水源感染，這種情況多發生在8～12月，以10～11月份爲最高峯。
溫差大 秋季氣溫變化大，忽冷忽熱。氣候變化引起感冒、腹部受涼以及各種感染也可導致腹瀉。