腹瀉常導致營養不良、多種維生素缺乏和多種感染。
1.消化道外感染 消化道外感染可能是腹瀉的病因，但也常因腹瀉後全身抵抗力低下而受感染。常見的有皮膚化膿性感染、泌尿道感染、中耳炎、上呼吸道感染、支氣管炎、肺炎、靜脈炎和敗血症。病毒性腸炎偶有併發心肌炎。
2.鵝口瘡 病程遷延或原有營養不良的患兒易併發鵝口瘡，尤在長期使用廣譜抗生素後更多，如不及時停藥，真菌可侵及腸道，甚至引起全身性真菌病。
3.中毒性肝炎 腹瀉病程中可出現黃疸，多見於原有營養不良的患兒。可能大腸桿菌引起的腸炎，併發大腸桿菌敗血症，導致中毒性肝炎。腹瀉後病情很快加重，出現黃疸後很快死亡。但如及早發現及時注射多粘菌素、氨苄或羧苄青黴素，多數可治癒。
4.營養不良和維生素缺乏 腹瀉遷延日久，或反覆多次禁食、長期熱量不足，易導致營養不良、貧血和維A缺乏。久瀉致肝功受損，維生素K吸收減少和凝血酶原減低，而致出血。
5.其他 脫水重時可併發急性腎功能衰竭。此外有：中毒性腸麻痹、腸出血、腸穿孔、腸套疊和胃擴張。還可因輸液不當引起急性心力衰竭、高鈉或低鈉血癥，或高鉀血癥。小嬰兒嘔吐護理不周時可引起窒息。