慢性腹瀉是包括腹瀉時間長於2周的遷延性腹瀉和腹瀉時間多於2個月的慢性腹瀉。最常見的原因是小兒受到驚嚇後導致機體功能紊亂致使稚嫩的胃腸道對乳糖不耐受、奶粉過敏、菌羣失調。
1、乳糖不耐受：絨毛是小腸的功能單位，可以使腸粘膜的消化與吸收面積大大增加。絨毛頂部爲高分化的吸收細胞，隱窩部爲低分化的分泌細胞。消化酶和負責電解質跨膜轉運的轉運蛋白均位幹絨毛細胞的刷狀緣膜上。各種感染可以導致酶活性降低，主動轉運受損，引起營養物質消化吸收不良。乳糖酶於腸絨毛刷毛緣，位置表淺，任何原因所致腸黏膜結構破壞均可導致黏膜水解酶及載體蛋白減少，故乳糖酶對瀰漫性腸黏膜病變最敏感，極易引起乳糖吸收障礙,屬於繼發性乳糖不耐受，這也是嬰兒慢性腹瀉最常見的原因。乳糖在小腸內由乳糖酶將其水解爲葡萄糖與半乳糖(單糖)後被吸收。如缺乏乳糖酶則未被分解的乳糖滯留於腸腔內，由於其滲透作用導致水、Na 及cl向腸腔內轉運，腸內液體增多促進腸蠕動引起水樣瀉。末被消化吸收的乳糖在迴腸和結腸內被細菌分解，產生乳酸、乙酸及氫氣，以上有機酸使腸內滲透壓增高，加重腹瀉。臨牀表現爲腹瀉、腹痛、腹鳴及腹脹，稱之爲乳糖不耐受。乳糖在腸內細菌發酵後產生酸，所以患兒的大便pH檢測<5(正常爲7～8)，表明未吸收的乳糖在腸內細菌發酵後產生酸所致。此爲簡便的間接診斷試驗，臨牀診斷價值在於簡便、實用、依從性強。
一般對策：
(1)膳食剔除療法：乳糖富含於母乳或牛乳中，以乳類爲主要營養品的嬰幼兒在患病期間應完全避免富含乳糖的食品。市場上有不含乳糖的腹瀉奶粉可以使用。
（2)酸奶：其中所含乳糖已預先被部分(75％)水解成單糖(半乳糖+葡萄糖)，因此較等量牛奶有更好的耐受性，對於大一點的孩子可以使用。
(3)雙歧桿菌製劑：該菌作用於乳糖後不產生氣體，減輕腹脹、腹鳴可作爲輔助治療。
（4）米湯：因米湯本身較易吸收、濃度較低，不含乳糖，也是一種溫和的收斂劑。輕微腹瀉者可暫停餵乳製品，改吃米飯類食物。
2、對牛奶過敏：牛奶是一種異性蛋白，其中一種乳球蛋白會損害小腸黏膜，是主要的過敏原，這種腹瀉稱之爲過敏性腸病。嬰兒過敏性腸病是小兒食物過敏最常見的表現。反覆腹瀉是最常見症狀，由於病變部位可以涉及口腔、食道、小腸、結腸、直腸，腸道病變也有爲粘膜充血水腫到腸壁損傷、出血、糜爛等輕重不同，所以腹瀉的次數和大便性質變化多樣，重者表現爲血絲（或帶血塊）痢疾樣粘便，大便鏡檢可見多個白細胞、紅細胞和膿細胞，潛血陽性等。可伴有嘔吐，腹痛、睡眠不安體重不增等。常有過敏體質遺傳史，嬰兒起病多(也可新生兒)，有人認爲母乳餵養者與母親進食過敏食物有關，患兒大便時好時環，無全身發熱是其特點。過敏的表現分爲急性(多爲IgE介導性過敏)和慢性或稱爲延遲性過敏（過敏原逐漸積累所致，常在進食後數天發生，所以不易判斷出來）。正常兒童每天與大量的外源性蛋白質等食物接觸，依靠腸道的完整的粘膜、正常細菌菌叢和多種酶活性對食物進行消化吸收並不產生過敏。但嬰兒腸壁不夠完整，腸粘膜嬌嫩，滲透性高，腸道屏障功能差；同時腸道粘膜上正常細菌的菌羣建立不完善，容易發生正常菌羣失調。正是由於小嬰兒胃腸道發育不成熟，當腸腔內首次接觸某些食物時容易讓食物中的某些大分子物質進入腸壁，產生過敏性炎症反應。國外對過敏性腸病患兒的腸鏡和腸粘膜活檢資料顯示：腸粘膜紅腫、脆性增加，微血管滲出增多，各種炎症細胞浸潤，嚴重者粘膜出血、破潰或糜爛。由此看見，食物過敏同樣可以因粘膜損傷引起痢疾樣大便(血絲便常是該類患兒血便的特點)或滲透性增高使大便中白細胞、紅細胞增加。大便有膿血不一定必須使用抗菌素。
一般對策：應從寶寶的食物中去除牛奶。由於羊奶和馬奶也有交義過敏反應，所以最好不要使用。根據患兒腹瀉程度和時間的不同可以選擇遊離氨基酸、深度水解奶粉、部分水解奶粉或者深度水解無乳糖奶粉，腹瀉好轉以後改用低一級的奶粉，逐漸改到正常飲食。對牛奶過敏也會隨着年齡增大過敏減少。在6個月後可給與少許牛奶以瞭解是否過敏，若無過敏可逐漸增加牛奶量，一般到了2歲後牛奶過敏已很少見。
3、菌羣失調：如孩子較長時間的應用大量廣譜抗菌素或皮質激素治療，使小兒免疫功能低下，使得腸道對抗菌素敏感的腸道內正常細菌受到抑制，而不敏感的致病菌就會大量繁殖引起長久的腹瀉。
一般對策：需停用所有的抗菌素及皮質激素，然後補充腸道正常菌種，以恢復腸道內微生態平衡，使正常菌種佔據絕對優勢。常用的有雙歧桿菌、乳酸桿菌等。
4、關於抗菌素：一般慢性腹瀉都是抗菌素解決不了問題的，個別是真正的感染需要做進一步的檢查和培養來確定抗菌素的種類和時間。
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