1、糞便常規、腸道菌羣分析、大便酸度、還原糖和細菌培養。
2、十二指腸液檢查，分析pH值、胰蛋白酶、糜蛋白酶、腸激酶及血清胰蛋白酶原以判斷蛋白質的消化吸收功能，測定十二指腸液的脂酶、膽鹽濃度以瞭解脂肪的消化吸收狀況，還可進行細菌培養和寄生蟲卵的檢測。
3、小腸粘膜活檢是瞭解慢性腹瀉病理生理變化的最可靠方法，必要時還可做蛋白質、碳水化合物和脂肪的吸收功能試驗、X線、結腸鏡等檢查綜合分析判斷。
診斷注意尋找病因，排出消化道外感染引起的腹瀉。先從病史中瞭解餵養情況、不潔食物史、疾病接觸史、食物和餐飲具消毒情況，以區別感染性與非感染性腹瀉。其次注意發病季節和地區。我國北方3～7月份的腹瀉多由於大腸桿菌引起，而8～12月份的病例多系病毒所致。有條件者應作大便培養、電鏡檢查或病毒分離。
輸液前應根據病史和體徵表現分析判斷脫水的程度和性質。須詳細詢問：病前和病期中的餵養情況、喂水量和是否含鹽；腹瀉和嘔吐的日數、每日次數和性質；入院前輸液次數、種類和量；小便量、色和入院前最後一次排尿時間。據此，結合體徵發現，估計脫水的程度和性質。對重症或不易判斷者，應測血清鈉、鉀、氯化物和血氣分析，或測二氧化碳結合力。出現驚厥時可測血清鈣。注意必須根據病史和臨牀表現對水分、電解質紊亂進行分析，不可單純根據化驗結果進行補液。以便作出正確判斷。心電圖檢查有助於瞭解血鉀情況。低鉀時T波平坦，然後代倒置，ST段降低，常出現U波，有時與T波融合。嚴重低鉀時可出現室性早搏及室性心動過速。個別重症有心室纖顫。區別幾種不同病原所致腹瀉的臨牀特點以利診斷。
1、輪狀病毒腸炎（1）起病急，秋冬季節發病多，常伴發熱和上呼吸道感染症狀。
（2）潛伏期1～3天，多發生在6個月-24個月嬰幼兒。
（3）起病1～2日即開始排水樣便，大便稀薄、色淡，有時呈白色米湯樣或清水樣，粘液少，很少腥臭味，鏡檢白細胞極少或無。
（4）無明顯中毒症狀，腹瀉嚴重者發生脫水、酸中毒和電解質紊亂。
（5）抗生素治療無效，病程約5-7天。
2、致病性大腸桿菌腸炎（1）多起病較緩，開始輕型，不發熱，很少吐。逐漸發展嚴重，嘔吐和低熱常與脫水同時出現。
（2）四季都有發病，但5～7月分最多，多見於1歲到2歲6個月嬰兒。
（3）大便多呈蛋花湯樣，色淡黃，有時粘液較多，偶見血絲，有腥臭味。鏡檢有脂肪滴、粘液和少許白細胞。
3、侵襲性大腸桿菌腸炎（1）起病急，高熱、中毒症狀重，伴有噁心、嘔吐、腹痛、裏急後重，重者可休克。
（2）潛伏期長短不等，四季均可發病，夏季較多。
（3）腹瀉頻繁，大便呈粘液狀，帶膿血，有腥臭味。鏡檢大量白細胞和數量不等的紅細胞。
4、出血性大腸桿菌腸炎（1）散發或爆發流行，具有明顯的季節性，以6-9月份爲多。
（2）大便開始爲黃水樣便，後爲血水便，有特殊臭味。鏡檢有大量紅細胞，無白細胞。
（3）伴有腹痛，併發症以溶血尿毒症綜合徵和血小板減少性紫癜多見。
5、空腸彎曲菌腸炎（1）多見於6個月到2歲的嬰兒，夏季發病多見。
（2）平均潛伏期3～5天，如感染量小，潛伏期延長。
（3）糞便爲粘液便或膿血便，有腥臭味。鏡檢有大量白細胞和少量紅細胞。
（4）腹瀉前可有發熱、腹痛等前驅症狀，偶可出現敗血症、腦膜炎等嚴重併發症。
6、鼠傷寒沙門菌小腸結腸炎（1）起病急，發熱、病情輕重不一。
（2）多見於新生兒和小於1歲的嬰兒。以6-9月份發病較多。
（3）糞便性狀多變，爲黃綠色、深綠色水樣、粘液樣或膿血便。鏡檢有多量白細胞和紅細胞。
（4）重者易併發敗血症、休克、DIC等。
7、金黃色葡萄球菌腸炎（1）多發生於長期應用廣譜抗生素之後。
（2）起病急，中毒症狀重，可發生脫水、電解質紊亂、酸中毒、循環衰竭。
（3）腹瀉初期大便呈黃綠色，3～4日後多變爲有腥臭味的暗綠色水樣便，每日可達10～20次或更多。
（4）大便中常見灰白色片狀僞膜（將少量大便放在生理鹽水內，可見僞膜漂浮水上），對臨牀診斷有幫助。大便粘液塗片可見多數膿球和革蘭氏陽性球菌。培養有金黃色葡萄球菌生長。
8、真菌性腸炎（1）多數有長期應用廣譜抗生素史或營養不良。常併發於其他感染或腸道菌羣失調。
（2）大便每日3～4次或稍多，黃色稀水樣，偶呈豆腐渣樣，有的發綠，泡沫較多，帶粘液。大便鏡檢有真菌孢子及菌絲。
（3）病程遷延，常伴鵝口瘡。
鑑別診斷一、大便無或偶見少量白細胞1、生理性腹瀉多見於6個月以內的嬰兒，外觀虛胖，常有溼疹，生後不久即出現腹瀉，除大便次數增多外，無其他症狀，食慾好，不影響發育。近年來發現此類腹瀉可能爲乳糖不耐受的一種特殊臨牀表現，添加輔食後，大便即轉爲正常。
2、導致小腸消化吸收功能障礙的各種疾病如乳糖酶缺乏，葡萄糖-半乳糖吸收不良，失氯性腹瀉，原發性膽酸吸收不良，過敏性腹瀉等，可根據各病特點進行糞便酸度、還原糖試驗等檢查方法加以鑑別。
二、大便較多白細胞者1、細菌性痢疾嬰兒痢疾表現多不典型。常無膿血便，臨牀呈一般腹瀉的表現，較難鑑別。應注意流行情況，常能問出接觸史。排便前常哭鬧，顯示裏急後重。仔細觀察可見患兒大便頻繁，但每次量不多，有時可見水樣便糞質中混有膿血，鏡下有較多膿細胞、紅細胞和吞噬細胞。而大腸桿菌腸炎每次便量多，一部分每次可達20ml以上，大便中粘液常見，但極少稠膿，偶有少數白細胞與紅細胞，應培養鑑別。
2、嬰兒出血性腸炎起病與大腸桿菌腸炎無異，但治療後腹瀉不止且病情加重，腹脹較重，高熱、頻繁嘔吐，重者吐咖啡樣物。大便早期呈水樣，潛血試驗陰性，以後出現典型的暗紅色果醬樣大便。脫水重，可早期出現休克。中毒症狀重者可昏迷、驚厥。