對於本病的治療，目前尚缺乏特效措施。臥牀休息，進食易消化、富含維生素、微量元素（尤其是硒、鋅）和蛋白質的食物，保持生活規律和大便通暢，對急性期患者至關重要。因爲，目前爲止的所有抗病毒藥物臨牀療效均不肯定，積極動員患者自身產生抗病毒因子（如干擾素等）就顯得十分重要，而令其休息、促進體力恢復無疑是最好的方法之一。
急性期治療：黃芪、牛磺酸可調節免疫功能，輔酶Q10、曲美他嗪、磷酸果糖可改善心肌能量代謝，這些常作爲臨牀的首選用藥；干擾素具有抗病毒、調節免疫作用，但因價格較貴而應用受限；中醫辨證施治，應用湯劑調節陰陽、扶正祛邪治療往往可獲一定的療效。心力衰竭時，常選用利尿劑、血管擴張劑、血管緊張素轉化酶抑制劑和血管緊張素受體拮抗劑等；心律失常特別是室性心律失常（早搏、心動過速或室撲、室顫）等，常選用鹽酸胺碘酮、美託洛爾、利多卡因；高度房室傳導阻滯或出現阿-斯綜合徵時，可考慮使用臨時心臟起搏器。
慢性期的治療：此期一般不再存在病毒的急性感染和持續性感染問題，而炎性後的病變心肌修復所形成的局部纖維化和瘢痕等則成了心電不穩定和心臟擴大的根源，慢性期常見的心律失常（各種早搏、心動過速、房顫或室顫以及房室傳導阻滯）、心力衰竭等均是由此所致。故治療早搏、心動過速、房顫等，多選鹽酸胺碘酮、美託洛爾長期口服，進一步行射頻消融術或可根治；治療房室傳導阻滯可選沙丁胺醇、莨菪類、阿托品、麝香保心丸等；經常暈厥、出現阿-斯綜合徵時，可考慮安裝永久性心臟起搏器；治療心力衰竭，常需長期口服利尿劑、血管擴張劑、血管緊張素轉化酶抑制劑和血管緊張素受體拮抗劑等。
病毒性心肌炎早發現、早治療非常重要。特別是感冒後出現心悸、胸悶及心電圖異常時，要想到心肌炎的可能性。本病經過臥牀休息和正規、及時的治療多可獲得痊癒，就像感冒一場那樣不留任何後遺症。否則，就會或多或少地遺留一些症狀，一遇勞累、情緒波動及感冒等即可發作各種早搏、心悸而長期影響生活質量。更有甚者，導致心臟重度擴大而形成了擴張型心肌病，預後極差，晚期常須行心臟移植以延長生命。
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