我國有以下幾種主要細菌性病。
一、細菌性痢疾
菌痢在我國全年均有發生，夏季發病佔絕大部分。發病率一般在5月份開始上升，8～9月達高峯，10月以後逐漸下降。致病大腸桿菌的菌型複雜而且耐藥性嚴重,對磺胺藥發生耐藥的最多。
二、霍亂
我國對霍亂解放後一直控制較好，但近來我國霍亂髮病及死亡均有反覆，發病死亡者多爲打工、旅遊等流動人口，多數是通過食物型感染髮病。加強流動人口食品衛生的管理是防治霍亂的當務之急。
三、沙門菌屬
除傷寒外對人影響最大的是鼠傷寒沙門菌、腸炎沙門菌。近年來人員交往流動增加，新的菌型隨之增加。對嬰兒及老年危害較大，我國在瀋陽、河南、北京等均發生過嬰兒室感染，其病死率高。沙門菌的防治有兩個難點：①因系人獸共患爲主，各種人獸接觸機會多，感染機會多，家獸類及野生動物爲貯存宿主，所以難以杜絕；②耐藥性較強，特別是鼠傷寒沙門菌易發生耐藥，目前對多數抗菌藥物耐藥。
四、非霍亂弧菌腹瀉
近年來弧菌感染增多，在沿海地區城市有時佔到腹瀉病原首位。
五、彎曲菌屬
以空腸彎曲菌爲主的彎曲菌屬引起腹瀉近年報道增多，在駐非洲、歐洲及泰國軍隊中均有彎曲菌引起腹瀉局部流行的報道，我國各地腹瀉病例中均分離到彎曲菌，對部分抗菌藥物耐藥，且對抗菌藥物發展耐藥性較快。
新出現的病原菌腹瀉：①0139型霍亂弧菌；②大腸桿菌0157：H2；③Whipple病；④假膜性腸炎。
對於感染性腹瀉病，抗菌藥物的應用爲其治療的重要手段之一，應根據腹瀉病程、發病年齡、發病季節、流行情況、大便性狀、大便實驗室檢查等，初步估計最可能病原、選用適當的藥物。急性水樣便腹瀉，多爲病毒感染，如細菌性痢疾、阿米巴痢疾；小兒尤其是2歲以下嬰幼兒，發生於秋冬季節的水瀉，以輪狀病毒腸炎可能性爲大；發生於5～6月份成人水樣腹瀉要考慮成人輪狀病毒性腸炎，發生於夏秋季水樣腹瀉以產毒性細菌感染可能性較大，如產毒性大腸桿菌、金黃色葡萄球菌、沙門菌、蠟樣芽孢桿菌等；如大便呈米泔樣、腹瀉量大伴嘔吐、迅速出現嚴重脫水，要考慮霍亂可能，尤以在流行季節。衛生狀況欠佳地區病人，寄生蟲爲常見腹瀉原因，如阿米巴痢疾、梨形鞭毛蟲腸炎等。老年體弱，術後病人及有應用抗菌藥物者腹瀉，抗生素相關性腹瀉或假膜性腸炎應予考慮。
對細菌的治療藥物，目前可分三大類，一般革蘭陰性爲主的腹瀉病原菌用喹諾酮類；真菌腹瀉用很少吸收的制黴菌素或克黴唑；而假膜性結腸炎用甲硝唑及萬古黴素。對病毒性腹瀉則不用抗菌藥物。至於中毒性痢疾，多見於２～７歲兒童，發病急，病情重，可出現高燒、頭痛、煩躁，甚至昏迷、抽動等危險症狀，應立即送醫院搶救。