俗話說，“是藥三分毒”，有關專家指出，這體現在緊急避孕藥方面尤爲明顯。除有如噁心、嘔吐、頭痛、頭昏、乏力、乳房腫脹、出血、月經延遲等一些常見的副作用以外，專家還特別強調，由於緊急避孕藥的藥劑量是常規避孕藥的十多倍，採用大劑量的藥物來干擾卵巢的功能，控制排卵，因此，對女性的卵巢功能、肝腎的代謝等系統產生危害，這種危害有時甚至很難估量。即使選用，一年最好不要超過一次。
專家也表示，緊急避孕藥只能偶爾服用一次，雖然現在還沒有具體數據和相關研究直接表明緊急避孕失敗而妊娠者，新生兒畸形發生率會升高，但可以肯定的是，它會導致女性月經紊亂，這實際上已經間接地影響了以後的正常懷孕。
避孕方式擇優選
記者在調查中發現，仍有部分人對懷孕和避孕的方法知之甚少。很多青少年錯誤地認爲，第一次性交或在性交之後用水、皁液或溫可樂之類沖洗陰道，就能沖走精子，防止懷孕，其實這樣很容易導致意外懷孕的發生。而在避孕失敗後，又自己到藥店買緊急避孕藥處理，實在不行才起到醫院“求救”。
專家提醒，使用緊急避孕藥後的性生活，如果不採取其他避孕措施，極有可能也會發生意外妊娠。因此，從長久來說，還是應該選擇適合自己的最佳避孕方式。
(1)新婚夫婦：以男用避孕套、女服用短效口服避孕藥爲佳。由於新婚婦女陰道較緊，不宜上環和陰道隔膜。想在半年後懷孕的，不宜用長效避孕藥(針)，因爲用了長效避孕藥，其停藥後半年方可懷孕，否則對胎兒不利。
(2)探親夫婦：以男用避孕套、女服用探親避孕藥片爲佳，不宜採用安全期避孕法，因爲兩地分居的夫婦相逢，情緒激動，往往會“即興排卵”或“提前排卵”，安全期推算不準，很容易導致避孕失敗。
(3)哺乳期婦女：以男用避孕套，女用陰道隔膜加避孕藥膏爲佳;不宜用口服避孕藥，因爲它可影響乳汁的分泌和嬰兒的生長髮育。
(4)獨生子女夫婦：以女性宮內節育器爲佳，如需要再生，取出宮內節育器即可。子女幼小，男女雙方不宜行結紮術，以防子女意外；雖然男女都能夠再通，但畢竟有一定的難度。但如果不再想生育了，則以結紮術爲最佳。
(5)更年期婦女：以避孕套、避孕膜、避孕栓爲佳，不宜用口服或注射避孕藥。因爲更年期婦女，卵巢功能已逐漸衰退，這時往往表現爲月經紊亂，而那些口服或注射避孕藥物，會加重經期的紊亂。