通過多年的臨牀治療發現單純依靠症狀還不能完全確診，需與另外一些疾病鑑別診斷。這樣能更好的對。中醫治療胰腺癌發現慢性胃病（慢性胃炎、消化性潰瘍），呈慢性胃痛通常非進行性發展可緩解易與胰腺癌混淆，可以通過做胃鏡檢查即可明確診斷。而病毒性肝炎，可做肝炎病毒標誌物及肝功檢查，進行對比相應標誌物及肝功異常即可助診。中醫治療胰腺癌中急性胰腺炎發病急、病程短、血液粉酶升高；慢性胰腺炎病程長，有反覆發作史。X光腹部平片可見胰臟鈣化點。手術外觀及疾理檢查無癌細胞發現，即可確診。而在膽石症、膽囊炎多呈劇烈膽絞痛，發病急，可以緩解。黃疸在疼痛48小時內出現，隨着病情好轉而很快退黃。Vater壺腹癌和膽總管癌臨牀表現與胰腺癌極爲相似，難以區分。只有靠手術後取活檢送病理檢查及術中觀查部位或術前胰膽管造影方能助診。
在進行胰腺癌診斷中，中醫治療胰腺癌提示單純依靠臨牀症狀難以確診後，必須做進一步實驗室生化及影像學的檢查，尤其手術後組織學檢查方可確診。總之，要對高危人羣中的上腹不適，伴噁心、腹脹、大便有異常的患者，除做有關實驗室檢查外，還要作B超和CT掃描，對可疑者再行動態核磁共振或胰膽管造影，必要時再作組織學和腫瘤標誌物等聯合檢查，這些有助於胰腺癌的早期診斷，有利於患者早期的治療。 在中醫治療胰腺癌中特別提出對胰腺癌與胃部疾病、黃疸型肝炎、膽石症、膽囊炎、原發性肝癌、急性胰腺炎、壺腹癌、膽囊癌等病進行鑑別。各種慢性胃部疾病：胃部疾患可有腹部疼痛，但腹痛多與飲食有關，黃疸少見，利用X線鋇餐檢查及纖維胃鏡檢查不難作出鑑別。中醫治療已吸納愛黃疸型肝炎：初起兩者易混淆，但肝炎有接觸史，經動態觀察，黃疸初起時血清轉氨酶增高，黃疸多在2～3周後逐漸消退，血清鹼性磷酸酶多不高。膽石症、膽囊炎：腹痛呈陣發性絞痛，急性發作時常有發熱和白細胞增高，黃疸多在短期內消退或有波動，無明顯體重減輕。原發性肝癌：常有肝炎或肝硬化病史、血清甲胎蛋白陽性，先有肝腫大，黃疸在後期出現，腹痛不因體位改變而變化，超聲和放射性核素掃描可發現肝佔位性病變。急慢性胰腺炎：急性胰腺炎多有暴飲暴食史，病情發作急驟，血白細胞、血尿澱粉酶升高。慢性胰腺炎可以出現胰腺腫塊（假囊腫）和黃疸，酷似胰腺癌，而胰腺深部癌壓迫胰管也可以引起胰腺周圍組織的慢性炎症。腹部X線平片發現胰腺鈣化點對診斷慢性胰腺炎有幫助但有些病例經各種檢查有時也難鑑別，可在剖腹探查手術中用極細穿刺針作胰腺穿刺活檢，以助鑑別。中醫治療膽囊癌發現壺腹周圍癌：壺腹周圍癌比胰頭癌少見，病起多驟然，也有黃疸、消瘦、皮癢、消化道出血等症狀。而壺腹癌開始爲息肉樣突起，癌本身質地軟而有彈性，故引起的黃疸常呈波動性；腹痛不顯著，常併發膽囊炎，反覆寒戰、發熱較多見。但兩者鑑別仍較困難，要結合超聲和CT來提高確診率。壺腹癌的切除率在75％以上，術後5年存活率較胰頭癌高。