腎盂腎炎常見的併發症有：
腎盂腎炎患者，經有效抗生素治療，一般在2～3天內症狀會明顯改善，若無改善，症狀加重，出現持續高熱、血白細胞顯著增加，應考慮到併發症的出現。
盂腎炎的預後相對較差，而且致病菌常有耐藥性，如不去除腎結石，尤其是合併感染的結石，否則腎盂腎炎難以控制。併發於尿路梗阻的感染也很難治癒，常演變爲慢性過程，並可導致菌血症。
急性腎盂腎炎最嚴重的併發症是中毒性休克。產氣型腎盂腎炎是一種很少見但可致命的腎盂腎炎，通常見於糖尿病患者，由致病菌（常是大腸桿菌的某一菌株）釋放氣體進入感染組織所致。
在得到充分治療後，又無其他腎臟疾病或尿路畸形，急性腎盂腎炎通常可痊癒，並不引起腎臟瘢痕或持續性腎臟損害，相反在腎臟未完全發育成熟的嬰幼兒，尤其是併發於腎臟疾病或尿路畸形的急性腎盂腎炎，常引起持續腎臟損害和瘢痕。
1腎周圍膿腫：由嚴重腎盂腎炎直接擴展來，佔90%，致病菌多是革蘭陰性桿菌，以大腸桿菌常見，多存在在糖尿病、尿路結石等不利因素，病人常出現明顯的單側腰痛和壓痛，向健側彎腰時，疼痛加劇。治療宜用強有力抗菌素，加強支持治療，或切開引流。
2併發感染性結石：結石的成分以磷酸銨鎂爲主，這是由於變形桿菌等所含的尿素酶，可分解尿中的尿素，使尿素呈鹼性，而磷酸鹽在鹼性尿中的溶解度明顯降低，易產生沉澱而形成磷酸銨鎂和磷灰石性結石。
3革蘭陰性桿菌敗血症：多發生於急性、嚴重性腎盂腎炎，表現來勢兇險，突然寒戰、高熱、常引起休克，死亡率達50%，應積極給予強有力抗菌素，加強支持治療。
4腎乳頭壞死：是嚴重併發症之一，常發生於糖尿病或尿路梗阻的腎盂腎炎患者，可併發敗血症或導致急性腎功能衰竭