針對病因治療是應對任何疾病的重要方法，故此在出現性交疼痛時，也要根據具體的原因採取不同的治療措施。出現性交疼痛時要及時到正規醫院就醫，別因爲涉及了隱私問題而羞於就醫，或是找一個私密的、不正規的小診所，也別道聽途說了其他人因用某些藥物治療效果不錯後就擅自用藥。
首先是由於性活動過於頻繁所致的性交疼痛，其具體的判斷方法爲，隨着性交次數的減少，射精疼痛的現象有所減輕或停止，如果出現了這種情況的射精疼痛，就需要減少性交次數，恢復一段時間後，使生殖器官得到充分的休息，即可消除射精疼痛症狀。
如果是男性在性活動過程中，因爲動作粗暴引起的射精疼痛，則需要減輕陰莖在陰道中的運動幅度和強度。如果是因爲包莖或包皮過長導致的性交疼痛，則需考慮手術治療。
如果是精囊炎、尿道炎、前列腺炎等炎症問題導致的性交疼痛，則需要根據不同的情況，纔去抗炎治療。
此外，還有些情況可能原因不是很明確時，需要進行X片檢查，以排除尿道結石、陰莖或其他生殖器官原因導致的性交疼痛。
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