1、體質因素
本病主要發生在嬰幼兒，其內因特點：（1）嬰兒胃腸道發育不夠成熟，酶的活性較低，但營養需要相對地多，胃腸道負擔重。（2）嬰兒時期神經、內分泌、循環系統及肝、腎功能發育均未成熟，調節機能較差。（3）嬰兒免疫力功能也不完善。血清大腸桿菌抗體滴度以初生至2週歲最低，以後漸升高。因而嬰幼兒易患大腸桿菌腸炎。（4）嬰兒體液分佈和成人不同，細胞外液佔比例較高，且水分代謝旺盛，調節功能又差，較易發生體液、電解質紊亂。
2、感染因素
分爲消化道內與消化道外感染，以前者爲主。（1）消化道內感染：致病微生物可隨污染的食物或水進入小兒消化道，因而易發生在人工餵養兒。（2）消化道外感染：消化道外的器官、組織受到感染也可引起腹瀉，常見於中耳炎、咽炎、肺炎、泌尿感染和皮膚感染等。（3）濫用抗生素所致的腸道菌羣紊亂。
3、消化功能紊亂
（1）飲食因素；（2）不耐受碳水化合物；（3）食物過敏；（4）藥物影響；（5）其他因素：如不清潔的環境、戶外活動過少，生活規律的突然改變、外界氣候的突變(中醫稱爲“風、寒、暑、溼、、瀉”)等，也易引起嬰兒的腹瀉。