乳腺纖維腺瘤會不會惡變是臨牀醫生所關心的問題，因爲這直接關係着疾病的預後與臨牀對策。一般認爲，乳腺纖維腺瘤發生惡變的機率很低，僅有約0.2%的病例會發生惡變。惡變常易於妊娠哺乳期發生，或於年齡較大、病史較長的病例發生。
乳腺纖維腺瘤的惡變以發生肉瘤變者爲多，而發生癌變者較少見。多數學者認爲，乳腺癌的發生與乳腺纖維腺瘤無關；亦有學者認爲當乳腺增生病患者同時再患有纖維腺瘤時，則增加了患癌的危險性；還有學者指出，絕經後的女性發生纖維腺瘤，則癌變傾向增加。
因此，一般來講，如果患了乳腺纖維腺瘤，不必過於緊張，特別是20歲左右的年輕女性，更是沒有必要爲纖維腺瘤而苦惱，只需在臨牀醫生的監控下進行觀察，如果醫生認爲必要，可服藥治療一段時間；如果發現近期腺瘤持續長大，則可擇期手術；如果準備妊娠，亦可考慮在妊娠之前將其手術切除。
儘管乳腺纖維腺瘤中僅有極少的惡變比例，但臨牀處理時，還是應提高警惕，特別是對於那些發病年齡在35歲以上，且腫塊在2cm以上者，原則上應予手術切除。