相同點
1．治療目標一致：最大限度地長期抑制或消除肝炎病毒，減輕肝細胞炎症壞死及肝纖維化，減少和防止肝臟失代償、肝硬化、肝癌及其他併發症，改善生活質量，延長存活時間。
2．治療藥物相同：干擾素是乙肝和丙肝抗病毒治療的有效藥物，包括普通α干擾素、複合干擾素和聚乙二醇化干擾素α（PEG—IFNα）。
3．療效同樣受到病毒基因分型以及其他因素的影響：乙肝和丙肝治療效果受多種因素的影響，下列因素有利於取得持久性應答：（1）丙肝基因型2、3型療效較好（如果爲1型，療效較差）；乙肝基因型A型者療效較好（C型療效較差）；（2）乙肝或丙肝病毒水平小於2×106拷見／毫升，療效較好（如果病毒載量太高，療效就不好）；（3）年齡小於40歲療效較好；（4）女性患者治療效果比男性好：（5）感染病毒時間短療效較好；（6）肝臟纖維化程度輕者療效好；（7）對治療的依從性好者療效較好；（8）無明顯肥胖者療效較好；（9）無合併其他病毒感染者療效較好；（10）無酗酒及吸毒者療效較好。
4．早期肝硬化的乙肝和丙肝患者都需要抗病毒治療：早期肝硬化（代償期肝硬化）患者，儘管對治療的耐受性和效果有所降低，但爲使病情穩定，延緩或阻止肝衰竭和肝癌等併發症的發生，建議在嚴密觀察下給予抗病毒治療。
5．早期病毒學應答可作爲抗病毒治療預測遠期效應的因素：治療12周時血清乙肝病毒DNA或丙肝病毒RNA定性檢測陰性或定量檢測降低2個對數級（Log）以上，預示未來治療效果好，可以繼續下去，否則應考慮更換治療方案。
6．治療的監測和隨訪相同：（1）治療前監測項目：治療前應檢測肝腎功能、血常規、甲狀腺功能、血糖及尿常規。治療開始後的第一個月應每週檢查1次血常規，以後每個月檢查1次直至6個月，然後每3個月檢查1次。（2）生化學檢測：治療期間每個月檢查肝功，治療結束後6個月內每兩個月檢測1次。（3）病毒學檢查：治療3個月時測定乙肝或丙肝病毒指標；在治療結束時及結束後6個月也應檢測病毒指標。
7．都特別強調患者的依從性：患者的依從性是影響療效的一個重要因素。醫生應在治療前向患者詳細解釋本病的自然病程，說明抗病毒治療的必要性，抗病毒治療的療程、療效及所需的費用等。還應詳細介紹藥物不良反應及其預防和減輕的方法，以及定期來醫院檢查的重要性，以取得患者的積極配合，提高療效。
不同點
1．普通α干擾素和長效干擾素是治療丙肝首選的和必備的藥物，但是治療乙肝除了各種干擾素外，還有核苷類抗病毒藥物許多種可供首選。
2．干擾素治療丙肝最好配合利巴韋林，其次是普通α干擾素與利巴韋林聯合療法，療效均優於單用普通α干擾素。但是治療乙肝使用干擾素時絕不能聯合利巴韋林。
3．治療乙肝使用干擾素時可以配合使用免疫增強藥物，例如胸腺素α－1、胸腺五肽等。但是治療丙肝不能使用這類免疫增強劑。
4．丙肝患者只要化驗檢查乙肝病毒RNA陽性，不管肝功是否正常都應積極進行抗病毒治療。用長效干擾素與利巴韋林聯合治療谷丙轉氨酶正常的丙型肝炎患者，其病毒學應答率與谷丙轉氨酶升高的丙型肝炎患者相似。乙肝患者檢查肝功正常者，雖然乙肝病毒DNA爲陽性，可以暫時不進行抗病毒治療。此時患者多處於免疫麻痹狀態，抗病毒難以獲得有效應答。乙肝患者只有出現肝功異常（谷丙轉氨酶）升高時才考慮進行抗病毒治療。
5．急性乙肝患者沒有必要使用抗病毒藥物治療，但是急性丙肝患者需要及時進行抗病毒治療。急性乙肝患者幾乎都自限性痊癒，極少轉爲慢性；但是急性丙肝大約50％以上會轉爲慢性肝炎，必須及時給予抗病毒治療。干擾素治療能顯著降低急性丙肝的慢性化率，因此，如檢測到丙肝病毒RNA陽性，即應開始抗病毒治療。
6．晚期肝硬化的丙肝患者沒有合適的藥物進行抗病毒治療，但是乙肝肝硬化晚期尚可以使用核苷類抗病毒藥物進行抗病毒治療。
7．丙肝抗病毒治療的療程，主要取決於丙肝病毒基因類型，如果丙肝病毒RNA基因型爲1型，治療時間需要一年；如果爲2或3型，治療時間只需要半年。乙肝抗病毒治療療程取決於乙肝病毒e抗原的情況，如果爲乙肝病毒e抗原陰性（乙肝“小三陽”），提示患者乙肝病毒前c區突變，此時抗病毒需要延長時間，干擾素治療需要一年以上；如果爲e抗原陽性（乙肝“大三陽”），治療時間相對較短，干擾素治療爲半年。