對於丙型肝炎，目前公認的首選有效治療藥物是干擾素，尤其對急性丙肝的療效較好,及時應用可防止慢性化發展，而所有的慢性丙肝均應爭取干擾素的及時應用。通常給予干擾素300萬單位，每週3次，療程至少3－6個月，最好延長至1年或更長。近期治療結束時的完全應答率（即轉按酶復常和HCV－RNA陰轉）爲40-50%，加大劑療效提高有限，而延長療程則有可能提高療效，減少復發。 干擾素作爲一種免疫促進劑在臨牀上使用已趨廣泛，目前是治療乙型和丙型肝炎的一線藥，在腫瘤治療方面亦起到相應效果。
干擾素的副作用爲“流感樣症狀“，經過一定的處理即可耐受，而且個體的反應差異很大，暫時白血球與血小板的減少均是可逆的，因而在干擾素的使用中，應注意監測血象（白細胞、血小板），尿常規，肝功能。
早期不良反應：用藥一週內幾乎所有患者都會出現流感樣表現，如發燒、畏寒、身痛、頭痛、出汗、噁心、嘔吐等。症狀較輕時可不予治療，只須適當多喝開水、臥牀休息，一般10日左右症狀便可消失。症狀重者則須服用些解熱鎮痛藥，如阿司匹林、消炎痛等。
中期不良反應：用藥1個月後有的病人會出現消化道症狀，皮膚過敏樣症狀或精神症狀，如食慾不振、噯氣、噁心、嘔吐；注意力不集中，眩暈、嗜睡或失眠，甚至產生悲觀厭世等精神症狀。所以一般消化道反應較輕者，經2-4周可自行緩解，重者則宜服用促消化藥。皮膚過敏者反應一般一週左右可自行消退。失眠者可服用鎮靜劑，精神症狀較重時則應減藥，或停用干擾素。
干擾素的不良反應在停藥後可以逆轉、副反應的輕重每個人並不一樣，但作爲開處方用藥的醫生，在使用干擾素前一定要給病人講明利弊，病人一旦用藥，就要有承受不良反應的心理準備。