肝活檢是目前確診脂肪肝的方法之一，其原理是在超聲引導下行細針穿刺肝細胞抽吸術，將所得標本做病理學診斷。該法操作簡單，安全可靠，尤其對於侷限性脂肪浸潤，當超聲或CT均難以與肝癌相區別時，該檢查無疑是一項可靠的鑑別方法。
1. 肝活檢的適應徵:
對於各種脂肪性肝疾患的診斷，肝活檢主要用於：(1)局竈性脂肪肝或瀰漫性脂肪肝伴正常肝島難以與惡性腫瘤鑑別，需在Ｂ超引導下進行目的性經皮肝穿刺；(2)探明膽固醇酯貯積病、糖原貯積病、Wilson氏病等少見脂肪性肝疾患；(3)可疑的無症狀性非酒精性脂肪性肝炎，肝活檢是唯一確診手段；(4)酒精性肝病有不能解釋的臨牀或生化異常表現者，以及酒精性肝炎考慮皮質類固醇治療前，後者需肝活檢排除活動性感染；部分酒精性肝炎因伴有嚴重脂肪浸潤或阻塞性終末肝小靜脈病變，可出現腹水及門靜脈高壓，極易誤診爲肝硬化，肝活檢有助於明確診斷及指導治療；(5)肥胖性脂肪肝患者減少原有體重的10%後，肝功能損害仍持續存在者，需肝活檢尋找有無其它肝損原因；(6)懷疑重型肝炎系小泡性脂肪肝所致，需肝活檢明確診斷並瞭解其病因；(7)評估某些實驗室指標以及影像學檢查診斷脂肪肝、纖維化的可靠性，需以肝活檢組織學診斷爲金標準；(8)任何懷疑不是單純性肝細胞脂肪變或疑多種病因引起的脂肪肝或肝功能損害者，需通過肝活檢明確具體病因或以何種病因爲主。
2. 肝活檢的價值:
Ｂ超和/或CT已成爲診斷脂肪肝的主要方法。它可基本判斷肝內脂肪分佈，作出瀰漫性及局竈性脂肪肝的診斷；結合病史、體檢和實驗室檢查，在排除其它原因所致慢性肝炎後，可明確脂肪性肝炎的有無及其病因和伴隨疾病狀態。單純性脂肪肝和脂肪性肝炎的確診現已很少需要依賴肝活檢。另一方面，肝活檢是診斷和定量判斷肝組織炎症、壞死和纖維化的唯一可靠方法，是進行脂肪肝分期最敏感和最特異的檢查手段，並可能有助於瞭解預後。然而，迄今對脂肪肝的自然史仍知之甚少，肝活檢現尚不能明確哪些脂肪肝病人會從推薦的治療措施中明顯受益。
3. 肝活檢組織學診斷: 完整的病理學評估包括脂肪肝的類型、肝腺泡累及部位以及脂肪肝的病理分型和分期三方面。
根據肝細胞內脂滴直徑可將脂肪肝分爲小泡性和大泡性兩大類型，前者可爲後者的早期或恢復期表現，但典型的小泡性脂肪肝多呈急性起病，而大泡性脂肪肝常爲慢性隱匿性發生。各種病因所致肝細胞脂肪變在小葉內分佈範圍不一，但通常首先累及肝腺泡Ⅲ帶，累及Ｉ帶者預後較差。根據肝活檢組織HE染色光鏡下肝細胞脂肪變性程度，可將脂肪肝分爲輕、中、重三型。輕度，即光鏡下每單位面積見1/3～2/3的肝細胞脂肪變；中度，即2/3以上的肝細胞脂肪變；重度，即幾乎所有肝細胞均發生脂肪變。少數肝細胞內雖有脂滴沉積，但未達脂肪肝診斷標準者，稱爲肝細胞脂肪變性。脂肪囊腫、脂肪性肉芽腫及脂肪性肝炎、纖維化常繼發於中重度大泡性脂肪肝。根據肝組織內炎症、壞死的有無及纖維化的程度，可將脂肪性肝疾患分爲三期，即：單純性脂肪肝，僅見肝細胞脂肪變性；脂肪性肝炎，脂肪變的基礎上伴有肝細胞變性、壞死和炎性細胞浸潤，並可有Mallory小體和中央靜脈周圍及肝細胞周圍纖維化；脂肪性肝硬化，爲繼發於脂肪肝的重度纖維組織增生和肝小葉結構改進、假小葉及再生結節形成。臨牀病理研究表明，脂肪肝的分型與分期之間以及脂肪肝的病理改變與臨牀表現之間雖有一定相關性，但並無必然聯繫。