診斷和鑑別診斷
典型的慢性淋巴細胞性甲狀腺炎臨牀診斷並不困難，一般臨牀中只要具有典型CLT臨牀表現，血清TGAB、TMAB陽性即可臨牀診斷爲CLT 。可以給予必要的影像學檢查協診，或給予甲狀腺素診斷性治療。
甲狀腺激素診斷性治療的療效一般在2～4周出現。甲狀腺功能正常者可給予左旋甲狀腺素50μg，每天1次，或甲狀腺片40mg，每天1次，甲減者可適當增加劑量。治療後甲狀腺縮小，症狀緩解爲治療有效，有助於CLT的診斷
但具有典型表現者較少，臨牀上非典型病例常誤診爲甲狀腺其它疾病而進行治療。因此，詳細詢問病史、仔細查體，常規進行甲狀腺功能和自身抗體檢查，有選擇性地進行FNAB，是正確診斷慢性淋巴細胞性甲狀腺炎的基本要點。
診斷標準：
迄今爲止，美國ATA、AACE等權威機構僅制定過甲減或甲亢的診斷標準，對橋本甲狀腺炎尚無相應的指南。多年來對本病的診斷採用Fisher（1957）提出的下列五項標準：
①甲狀腺腫大，質堅韌，結節感，所有的甲狀腺包括錐體葉在內都能摸到；
②甲狀腺抗體陽性；
③血清TSH升高；
④甲狀腺掃描呈點狀濃聚及不規則稀疏；
⑤過氯酸鉀鹽排泄試驗陽性。
凡在上述五項標準中，有兩項符合者可擬診本病，具備四、五項者可予確診。這個標準在多數情況下是適用的，診斷正確率約70～90％，因此在使用這一標準時尚需結合病人的具體情況進行分析。
鑑別診斷
1、亞急性甲狀腺炎： CLT有時起病較急，可有局部疼痛與壓痛，可與亞急性甲狀腺炎相混淆。
亞甲炎是一種與病毒感染有關的非細菌性炎症，可能是病毒引起了機體的免疫反應，從而導致了甲狀腺的病變。因此，SAT也被認爲是一種自身免疫性疾病。 早期最具有特徵性的是甲狀腺部位的疼痛，可先從一葉開始，以後擴大或轉移到另一葉，或者始終侷限於一葉。疼痛常向頜下、耳後或頸部等處放射，咀嚼或吞嚥時加重。可伴有發熱，血沉明顯增快，而甲狀腺球蛋白抗體與微粒體抗體常無增高。甲狀腺攝131Ⅰ率明顯降低，與早期血清甲狀腺激素水平增高呈現“背離”現象。這一特徵對本病診斷有重要意義。
2.青春期單純性甲狀腺腫:兒童橋本氏病發病迅速上升，這使CLT “在兒童中極爲罕見”的定論成爲歷史，故而盲目補碘有害。在青春期，出現持續甲狀腺腫大，是甲狀腺對甲狀腺激素需要量暫時增高的代償性增生， 前者常無特殊症狀，僅甲狀腺輕至中度腫大，且可隨情緒、氣侯及月經週期而有自發性波動。除甲狀腺腫大此外體檢無陽性發現。輔助檢查提示甲狀腺激素及TSH測定基本正常，甲狀腺同位素掃描可見瀰漫性甲狀腺腫。後者常甲狀腺球蛋白抗體及微粒體抗體明顯增高。
3. 甲狀腺癌： CLT與甲狀腺癌兩者之間的關係尚存有爭論。Clark（1980）報告前者的癌發生率爲12％，有時兩者相混一起，在癌組織附近有竈性甲狀腺炎病變。Woo1swan等認爲CLT確實存在微小癌。故需慎重作出鑑別。
CLT併發甲狀腺癌以乳頭狀癌居多，且多爲微小癌，因無確定性臨牀診斷指標，術前診斷困難，目前仍以手術後病理診斷作爲確診手段。
4.Graves病：是涉及多系統的自身免疫性疾病，其典型病例的特點爲瀰漫性甲狀腺腫伴甲亢、浸潤性突眼及浸潤性皮膚病（脛前粘液性水腫），多見於女性，也有甲狀腺抗體，與CLT甲亢型類似。但Graves病腫大的甲狀腺質地通常較軟，抗甲狀腺抗體滴度較低。
兩者鑑別點在於：一過性的橋本甲亢是炎症破壞導致甲狀腺素漏出所致，雖有甲亢症狀，TT3、TT4升高，但l31I攝取率降低，甲亢症狀在短期內消失，甲狀腺穿刺活檢呈典型橋本甲狀腺炎改變。而橋本病合併毒性瀰漫性甲狀腺腫者，有典型甲亢的臨牀表現和實驗室檢查結果，血清TgAb和TPOAb高滴度，甲狀腺穿刺活檢可見兩種病變同時存在。當TSAb佔優勢時表現爲Graves病，當TPOAb佔優勢時，表現爲橋本甲狀腺炎和(或)甲減。
5、其他疾病：（1）誤診爲更年期綜合徵-- 50歲左右的婦女患病後，往往訴乏力、倦怠、煩燥、陣陣汗出、失眠、輕度浮腫等，故易被誤診爲更年期綜合徵。（2）誤診爲心臟病--少數橋本氏病患者甲狀腺症狀不典型，而由於甲減出現心包積液而致心慌、心悸、氣短，心電圖T波變化而易被誤診爲心臟病。 （3）誤診爲“咽感異常” 部分患者無明顯的甲狀腺腫大，亦無其它的甲狀腺功能方面症狀，僅訴咽部不適。
治療--目前尚無法根治
內科治療：本病發展緩慢，可以維持多年不變，如不予治療，除少數病例自行緩解外，最終均發展成甲狀腺功能減退。其自然發生粘液性水腫的過程約爲10年左右，應予及時治療。其治療原則是無限期的甲狀腺激素替代療法。
左甲狀腺素鈉從25ug開始，間隔7 ～10天增加25ug，總量爲100～150ug/d，早晨空腹服用。 3～6個月後腺體縮小，症狀減輕，以後給維持量50～100ug/d.
病情較重者應用類固醇藥物可使甲狀腺縮小，常與甲狀腺製劑合用。
由於左甲狀腺素的半衰期是7天，重新建立下丘腦-垂體-甲狀腺軸的平衡一般需要4~6周，故初始服用左甲狀腺素時，可以每4~6周複查激素指標，然後根據結果調整左甲狀腺素劑量，直到達治療目標。治療達標後可以每6~12個月複查一次激素指標，必要時甲狀腺超聲檢查。
左甲狀腺素對免疫異常無作用，不能降低患者血清中抗甲狀腺抗體的水平。
需內科治療的患者包括：(1)甲狀腺功能正常者，沒症狀則隨診觀察；有頸前區不適或輕度壓迫症狀時，可小劑量甲狀腺素治療3月左右。（要與病人溝通好）(2)合併亞臨牀甲減（僅TSH升高）者，若TSH<10 mU/L，則隨診觀察；但：老年人；孕婦及不孕症者；生長髮育期的兒童應接受治療。若TSH≥10 mU/L，則應用甲狀腺激素替代治療。(3)合併臨牀甲減（TSH升高，且T3和/或T4降低）者，則應用甲狀腺激素替代治療。(4)合併甲亢者，可用心得安治療；一般不主張抗甲亢藥物治療，若用，小劑量、短程、密切複查甲功。
一般不用131I治療及手術治療
外科治療
長期以來對慢性淋巴細胞性甲狀腺炎是否需外科治療一直存在爭議。
一種意見認爲慢性淋巴細胞性甲狀腺炎是自身免疫性疾病，呈慢性經過，發展趨勢是永久性甲減，任何不恰當的手術治療都將加速甲減的進程，手術並不能從根本上治療慢性淋巴細胞性甲狀腺炎，因此，主張首選藥物治療。
也有學者支持手術治療，其主要根據是：切除部分甲狀腺組織可降低免疫負荷，增強藥物治療效果，並取得病理診斷或早期發現併發癌；如果手術方式選擇恰當，甲減發生率僅爲4.7%～9.7%，手術治療安全可行。
需外科治療的情況包括：
(1)嚴重影響患者生活質量者：①甲狀腺腫大，伴有明顯壓迫症狀；或甲狀腺重度腫大，影響工作和生活；而藥物治療無法改善。②疼痛嚴重，藥物治療無效或不能耐受藥物治療者。③併發甲亢反覆發作，或併發重度甲亢者。
(2)不能排除併發甲狀腺癌時，應積極手術治。
從併發甲狀腺癌高危因素角度，多數學者認爲有下列情況之一者應積極手術治療。①病史較長、在瀰漫型病變基礎上出現單髮結節，抑制治療後結節不縮小；或在藥物治療過程中出現甲狀腺單髮結節。②B超或CT檢查證實爲單發實性結節，核素掃描證實爲冷結節。③臨牀或影象學檢查發現頸淋巴結腫大。 ④伴有聲嘶或Horner’s綜合徵。⑤針吸細胞學檢查提示或懷疑甲狀腺癌。
慢性淋巴細胞性甲狀腺炎手術方式的選擇應根據手術目的和冰凍切片檢查結果確定。目前多數學者認爲，慢性淋巴細胞性甲狀腺炎手術方式的選擇應遵循如下原則：
(1)單純性慢性淋巴細胞性甲狀腺炎，至少需完整保留一側腺葉，或僅作峽部切除以緩解壓迫症狀。
(2)併發重度甲亢者，需作雙側甲狀腺次全切除術。
(3)併發甲狀腺腺瘤或結節性甲狀腺腫者，需切除可見病竈，並儘量多保留甲狀腺組織。
因爲CLT併發甲狀腺癌的發生率較高，且多爲微小癌，臨牀和影象學檢查容易漏診，甚至有學者認爲CLT是癌前病變，宜作甲狀腺全切除術，以免惡變。
但多數認爲CLT並甲狀腺癌的手術方式，既要考慮甲狀腺癌的根治性原則，又要兼顧CLT的特殊性。①術前針吸細胞學檢查或術中冰凍切片檢查明確診斷併發甲狀腺癌者，根據甲狀腺癌的根治性原則選擇手術方式。②術中冰凍切片排除併發甲狀腺癌者，施行峽部和可疑結節切除術。③術中冰凍切片不能確診或術中冰凍切片漏診，術後石蠟切片確診併發甲狀腺癌者，根據甲狀腺癌的根治性原則再手術。
局部治療
原理：應用糖皮質激素局部注射的方法，抑制甲狀腺內部的免疫炎症反應
方法：每次每側甲狀腺葉內部注射地塞米松5mg，每週1~2次，連續 5~10 次爲一療程，可2~3個療程
優點：操作簡便、副作用小、避免全身糖皮質激素應用的副作用
生活調理
除藥物治療外，同時強調精神調攝，生活、工作合理安排，而且飲食合理亦十分重要。
若出現甲狀腺機能亢進症的表現時，宜吃得清淡，吃含維生素高的新鮮蔬菜、水果及營養豐富的瘦肉、雞肉、鴨肉、甲魚、淡水魚、香菇、銀耳、百合、桑椹等食物。忌食碘、辣椒、羊肉、濃茶、咖啡等有刺激性的食物。
若出現甲狀腺機能減退症的表現時，除忌碘外，宜吃含維生素高的新鮮的蔬菜、水果，還宜吃蝦、海蔘、胡桃肉、枸杞子、山藥等食物。