原發性痛經一般均認爲應歸咎於以下幾種原因：內膜管型脫落(膜性痛經)、子宮發育不全、子宮屈曲、頸管狹窄、不良體姿及體質因素、變態反應狀態及精神因素等。
繼發性痛經 痛經病人經雙合診發現盆腔器官有病變者爲繼發性痛經。常由於局部異常體徵尚不明顯時誤診爲原發性痛經，因而對痛經開始於初潮後3年以上者，應考慮繼發性痛經之可能，應進一步檢查。
青年女性繼發性痛經之常見原因爲子宮內膜異位症，它與原發性痛經症狀極相似。如果病人有進行性痛經或內膜異位症家族史(母或姐妹中有患此病者)，應早作腹腔鏡檢查以明確診斷，及早進行保守性手術治療，以保存生育能力。
此外，繼發性痛經病因有：先天性子宮畸形(包括雙角子宮、中隔子宮、殘角子宮、陰道橫隔等)、盆腔炎症、子宮腺肌病、子宮肌瘤、子宮息肉、子宮粘連、宮頸管狹窄、卵巢囊腫及盆腔瘀血綜合徵等。
除痛經外，月經期伴有體溫升高者應考慮盆腔炎。帶宮腔節育器痛經者佔帶器婦女的5%左右。如無感染情況，痛經發生原因可能是節育器刺激內膜，PGs釋出過多導致子宮肌肉收縮過強所致。
子宮畸形、生殖道下段完全阻塞之病人，可出現週期性下腹部疼痛，初潮年齡已過仍無月經來潮，而其他第二性徵發育情況正常。週期性下腹疼痛乃繼發於生殖道積血，一般在乳房發育開始後2～3年內出現。生殖道畸形阻塞、處女膜閉鎖及陰道橫隔，通過婦科檢查很易得到診斷。而如融合缺陷形成一側生殖道阻塞、對側通暢者則較難診斷，如未分離之雙子宮、一側陰道盲端或有一與陰道不相通的殘角子宮，這類病人有漸漸加重的痛經史，捫診可觸得腫塊，易誤診爲陰道囊腫或卵巢腫瘤。
腺肌病、內膜息肉及子宮肌瘤均較罕見於青春期少女。由這類病變誘發之痛經常在25歲後出現，疼痛類型不定，疼痛持續時間較長。