影響持續病毒學應答（SVR）的主要病毒學因素及宿主因素包括HCV-RNA基因型、基線病毒載量、年齡、治療方法、脂肪代謝紊亂以及肝臟病理損傷程度。其中，基因型是治療應答重要的預測指標，基因型１、４療效差；基因型２、３療效好。治療過程中，0、4、12、24、48周時HCV-RNA水平的動態變化是臨牀極有價值的預測工具。治療前病毒水平低、年齡<40歲、無肝硬化和體重<85 kg等患者療效較好。因此應動態監控，以便進行更合理的個體化治療。
慢性丙型肝炎患者患糖尿病的危險性明顯超過普通人羣，容易發生脂肪代謝紊亂而誘發肝脂肪變性；同時肝脂肪變性後發生肝臟纖維化或肝硬化的可能性增加，此時患者對於抗病毒藥物治療的SVR減低。故若患者伴有上述病變，應重視可控制因素（如肝脂肪變性、胰島素抵抗），在抗病毒治療的同時主動採用藥物干預。
基因型和治療後HCV-RNA水平的動態變化是預測療效的重要指標。