在治療腎積水時關鍵是找到阻塞的部位，才能徹底清除病竈。
首先，要進行保守治療。對於腎積水較輕，病情進展緩慢者，如果腎功能已達平衡和穩定狀態可繼續觀察，無需手術治療，只進行對症處理即可。但此時仍應定期檢查以瞭解積水進展的情況。部分可自行解除的梗阻，如孕婦生理性腎積水可無需處理。
其次，局部處理。在進行對症處理的同時，可對梗阻部位的病變採用局部處理，如粘連分離，纖維索帶切斷，血管移位再吻合，結石摘除等。對於局部壓迫過長已造成輸尿管局部發育嚴重受損時，應將此段輸尿管切除再吻合。對於梗阻已造成腎臟嚴重積水時，需先作造瘻引流。
最後，行手術治療。如果腎積水有進行性加重，臨牀症狀日趨明顯，腎功能不斷下降，而梗阻的病因已明確，有併發症存在，應及時進行手術治療。解除造成腎積水的梗阻性疾病，如因結石造成應去除結石;解除纖維索帶或迷走血管的壓迫;前列腺增生可行電切或摘除等。嚴重的腎積水致患側腎功能全部喪失或有嚴重感染積膿，但對側腎功能良好，可行患腎切除術。
治療腎積水不能盲目選擇療法，要根據不同的病因有所選擇，以減少對患者的損害。