肝癌的病因至今不十分明確，認爲是多種因素協同作用的結果，主要與乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒、黃麴黴素、飲水污染、某些微量元素缺乏、遺傳因素和嗜酒等因素有關。
乙型肝炎病毒感染是肝癌最主要的致病因素，肝癌患者HBV感染率高達90%, HBV感染者發生肝癌的概率較無HBV感染者高數十倍，HBV感染與肝癌高發區域在全球的分佈上基本一致，患肝癌的危險性大，肝癌細胞中存在較高的HBV.DNA整合。
而丙型肝炎病毒被認爲是發達國家肝癌發病的主要致病因素之一，在日本HBsAg陰性的肝癌患者血清中HCV檢出率高達76.2%，在西班牙肝癌患者HCV抗體陽性率高達63%。HCV感染大多數通過血液途徑，隨着血製品應用的增多，HCV感染在我國也有上升趨勢。
同時，黃麴黴素是肝癌發生的一個重要致癌因子。其污染多見於發黴的花生、玉米，在溫溼地區肝癌的發生和死亡率高，就是因爲黃麴黴素的致肝癌作用。
另外，飲水污染與肝癌相關。微量元素與肝癌發生也有關，曾有報道血清硒水平肝癌低於肝硬化，肝硬化低於慢性肝炎，慢性肝炎低於正常人。肝癌患者術前血硒含量接近健康人水平者，預後較好，反之預後差。
近些年，隨着染色體分析技術和分子生物學研究的發展，已經證實，肝癌具有明顯的家族聚集性和遺傳易感性。肝癌受遺傳因素和環境因素的共同作用，可能屬於一種多基因遺傳病。
預防肝癌要改善飲水條件，防止食物黴變和防治肝炎。其次是監控高危人羣。對早期無臨牀症狀者，做到早期發現、早期診斷、早期治療，防止腫瘤的發展，提高治癒率和生存率，降低死亡率，做到防患於開端。
對於肝癌而言，有乙肝病史、丙肝病史或有癌症家族史，有長期酗酒史並有慢性肝病臨牀表現者以及已經確診的肝硬化患者，屬高危人羣。馮醫生認爲，這類人羣需定期地隨訪觀察，應至少每半年去醫院全面檢查一下肝病的生化和影像學指標。馮醫生說，大多數病人是經過肝炎→肝硬變→肝癌的過程，10%的肝炎病毒直接整合在肝細胞裏，引起突變，直接造成肝癌。因此，肝功正常的所謂病毒攜帶者也要按期檢查，千萬不能大意。
馮醫生特別提醒，飲酒損害健康，特別是對肝臟、胰腺和胃的損害是很大的。長期飲酒可促進肝硬變或加速肝癌的發生。乙型肝炎病毒和丙型肝炎病毒攜帶者如果喝酒的話，酒精可以促進乙肝病毒和丙肝病毒整合到肝細胞裏面去，使正常的肝細胞發生變異而變成肝癌細胞。
癌症的發生與不良生活習慣和飲食習慣有關。飲食中經常含有致癌物質，就較容易促發肝癌。因此，馮醫生建議人們，要建立合理健康的膳食結構；切忌食用發黴食品，儘量選食新鮮食物；儘量少食油炸食物，注意一些陳腐油類中含有丙二醛，它也能使蛋白質的結構變異，導致變異蛋白質的細胞失去正常功能並向初期癌細胞轉化。