1、泌尿系統：腰部或上腹部疼痛；血尿；感染；併發腎結石；腎積水；最終均導致腎功能衰竭。
2、心血管系統表現：高血壓；左心室大、二尖瓣脫垂、主動脈瓣閉鎖不全等一系列高血壓、心臟病的臨牀表現；
3、消化系統症狀：30%-40%的病人合併肝囊腫，10%有胰腺囊腫，5%有脾囊腫，結腸憩室發病率約38%，有結腸憩室的死亡率高。此病採用常規中西藥口服，無明顯治療效果，待發展到一定程度後進行穿刺，注入硬化劑，手術去頂減壓，也只能是暫時緩解。手術後，壓力解除了，其它的囊腫長的更快，長的更大，幾個月後，總體積比原來的更大，最終這類患者都將在常規治療下發展爲尿毒症。此病的治療誤區：患者在治療時，只把囊腫的大小變化作爲治療效果的判斷標準，這是不正確的。因爲多囊腎（多囊肝）由於囊腫的不斷增長，囊內壓（張力）是引起腎臟破壞的主要因素。有的多囊腎囊腫並不太大，從腹部外觀看不出來，但腎功能破壞的卻很嚴重了；但有的多囊腎患者，從腹部外觀已經大的像孕婦一樣，但腎功能還可以，就如一個小石子和一個大海綿形成的壓力是同樣的道理，這個就是囊內壓。因此廣大患者在治療時，不能誤認爲囊腫縮小就是病情好轉，因爲單純囊腫縮小，囊內壓增高的後果更爲嚴重，千萬記住！多囊腎、多囊肝只靠口服或注射給藥經消化道吸收、代謝，當到達腎臟進入囊腫內的藥物已寥寥無幾，作用甚微。還耽誤寶貴的治療時機。中醫全息離子導入治療多囊腎、腎囊腫的特點：是用腎臟專用ECT檢查出囊腫對腎臟的壓力，包括腎臟的血液循環情況，腎小球的濾過情況，腎小管的排泄情況。對患者的腎實質進行準確的定位後，在離子導入儀的作用下，將治囊腫的高濃度中藥離子不經過消化道，直接在腎區通過經絡滲透入腎臟經脈從而增加囊壁的通透性，加速血液循環，促使囊液排出，使囊內壓下降，從而保護腎功能。只要囊腫不再生長，腎功能恢復，患者不會因腎臟而影響生活和壽命的。多囊腎和腎囊腫病情發展起來要比別的病要快，因爲隨着囊腫的增長，囊內壓的增加，腎臟的破壞也在加重，併發症也在加重，如尿血，感染，腎結石，甚至會併發如血壓的升高，噁心嘔吐，貧血，夜尿多，胸悶氣短，少尿，甚至走上透析的道路。多囊腎腎囊腫還是一種發展性疾病，病情處於進展階段，治療要經過三個階段五個條件，還有患者人爲控制囊腫生長的因素。首先是病理治療階段；其次病理治療及功能好轉；再次纔是臨牀好轉。如何人爲控制囊腫生長？首先是調節免疫，改變腎臟的內環境，就是人爲控制囊腫的生長，如調暢情致、改變觀念、寬容待人；避免外因如調整飲食、預防感冒、避免勞累、防止劇烈的活動、避免頻繁穿刺、積極處理併發症等。如果避免這些因素本身就減輕囊腫的生長，如果這些因素繼續存在就會加重囊腫的生長。
如何正確判斷療效呢？1、不以囊腫的大小來判斷，要以囊內壓力來判斷。2、不以囊腫的面積來判斷要以囊腫的體積來判斷。
3、最主要的是治療後要靠ECT檢查來判斷包括腎臟血流的改善，腎小球濾過率，腎小球的排泄的好轉纔是根本。在腎區離子導入的過程中，同時融化結石，排出結石，消除積水，腎功能好轉、腎性高血壓好轉，肝囊腫也會好轉。但由於腎臟的病理破壞是不可逆的，所以必須早治療，否則發展至尿毒症，透析至無尿時，治療就更困難了。