慢性扁桃體炎（chronic tonsillitis）多由急性扁桃體炎反覆發作或因隱窩引流不暢，而致扁桃體隱窩及其實質發生慢性炎症病變。也可發生於某些急性傳染病之後。根據免疫學說，扁桃體隱窩內細菌、病毒及代謝產物進入體液後，可引起抗體形成，繼之腺體內產生抗原抗體結合物，能起到一種複合免疫作用，從而認爲慢性扁桃體炎是一種自身免疫反應。由於自身抗原抗體結合時對組織細胞有損害，而有利於感染，感染又促進抗原抗體反應，從而形成惡性循環。
主要症狀是反覆發作急性扁桃體炎。也有部分患者無明顯急性發作史。表現爲經常咽部不適，異物感，發乾，癢，刺激性咳嗽，口臭等症狀。兒童過度肥大的扁桃體可引起呼吸、吞嚥、語言障礙。若伴有腺樣體肥大可引起鼻塞、鼾聲及止他性中耳炎症狀。由於經常嚥下分泌物及隱窩中的細菌毒素，可致消化不良，頭痛，乏力、低熱等症狀。 檢查可見扁桃體慢性充血，扁桃體表面不平，瘢痕，與周圍組織有牽連，有時可見隱窩口封閉，呈黃白色小點，其上蓋有菲薄粘膜或粘連物。隱窩開口處可有膿性分泌物或乾酪樣分泌物，擠壓時分泌物外溢。舌齶弓及咽齶弓充血。下頜淋巴結腫大。
扁桃體隱窩內細菌和毒素可形成病竈感染，發生變態反應，產生各種併發症，如風溼性關節炎、風溼熱、心臟病、急性腎炎等。