大腸癌的治療以手術切除癌腫爲首選，輔之以放射治療、化療藥物治療及中醫藥治療等；最近不少學者對早期大腸癌採用經內鏡下切除治療，也取得較好療效。至於如何選擇最佳方案，須依據不同的臨牀病理分期。
大腸癌的治療關鍵在於早期發現和早期診斷。
1.外科治療：大腸癌的唯一根治方法是早期切除癌腫。探查中如發現已有癌轉移，但病變腸曲尚可遊離時，原則上即應將大腸癌切除，以免日後發生腸梗阻；另一方面，癌腫常有糜爛、滲血或伴有繼發感染，切除後能使全身情況獲得改善。對有廣泛癌轉移者，如病變腸段已不能切除，則應進行造瘻或捷徑等姑息手術。
2.化學藥物治療：大腸癌根治術後，仍有約50%病例復發和轉移，主要是手術前未能發現隱匿轉移竈或術中未能將病竈完全切除。因此在剖腹手術前，先進行腫瘤腸腔內化療或直腸癌術前灌腸給藥，可阻止癌細胞擴散，殺傷和消滅癌細胞。術後繼續化療，有可能提高根治術後的5年生存率。
大腸癌的化療以5-FU爲首選藥物。一般用靜脈注射，可給12～15mg/kg，每日一次，共5天，以後劑量減半，隔日一次，直至明顯的毒性症狀如嘔吐、腹瀉等出現，以總量達8～10g爲一療程。有肝臟轉移者，可每日予5-FU 150～300mg，分次口服，總量約10～15g，比靜脈用藥的療效差。目前多主張聯合化療，但尚無成熟方案。目前多采用FOLFOX方案（L-OHP+LV+5-FU）。
3.放射治療：療效尚不滿意，有人認爲：①術前放療可使腫瘤縮小，提高切除率，減少區域性淋巴轉移、術中癌細胞的播散及局部復發； ②術後放療：對手術根治病例，如腫瘤已穿透腸壁，侵犯局部淋巴結、淋巴管和血管，或外科手術後有腫瘤殘存，但尚無遠處轉移者，宜作手術後放療；③單純放療：對晚期直腸癌病例，用小劑量放射治療，有時能起到暫時止血、止痛的效果。
4.冷凍療法：冷凍療法是採用製冷劑液態氮，通過肛門鏡充分暴露腫瘤後，選用大小不等炮彈式冷凍頭接觸腫瘤組織，可有效地殺傷和破壞腫瘤組織。在中晚期病人不能手術時，酌情采用，可減少病人痛苦，免於作人工肛門，配合化療能獲滿意療效。
5.對症與支持療法：包括鎮痛與補充營養等。
6今幸膠囊中藥治療