子宮內膜異位症相關疼痛主要包括痛經、性交痛、排便痛和慢性盆腔痛。其臨牀特點包括（1）並非所有子宮內膜異位症患者都具有子宮內膜異位症相關疼痛症狀。（2）內膜異症病竈和內臟器官之間存在交叉疼痛，子宮內膜異位症相關疼痛可以引發正常內臟器官疼痛，或者惡化的疼痛症狀可以被某些伴發疾病所惡化，如腸易激綜合徵、間質性膀胱炎、複發性腎結石等。（3）總體來說，疼痛的嚴重相關性，是深部浸潤型、病變位置以及期別無明顯的相關性，但是深部浸潤型子宮內膜異位症相關疼痛症狀較重，並且月經的類型和嚴重程度與病竈侵及的部位和範圍有關。（4）子宮內膜異位症疼痛可以是炎症性的、神經病竈或功能性的，可以由非傷害性刺激引起（觸誘發痛），或無任何刺激而產生，亦或是有害刺激引起的疼痛程度擴大和時間延長（痛覺過敏）。（5）目前藥物和手術治療雖然能緩解大部分的疼痛症狀，但並不能避免疼痛復發，即便是無病竈殘留和病竈復發。