小兒腦癱的原因一般有以下三個：
1、產前因素（1）母體因素：據美國研究組分析認爲母親智力低下是腦癱最主要的危險因素，佔腦癱的2.7‰。其次的危險因素是母親分娩過程障礙。母親吸菸雖與後代腦癱無直接關係，但與不吸菸的婦女相比，吸菸婦女出生低體重兒的危險性增加1倍。母親患癲癇、孕前患甲亢，或有兩次以上死胎者與腦癱明顯相關。意外的是母親患糖尿病與腦癱無關，另外孕前腹部、骨盆X光照射、凝血障礙、腎炎、結核、淋病、梅毒、平滑肌病、哮喘、器質性心臟病、風溼熱均與腦癱無關。在母嬰ABO系統或Rh系統血型不合病例中，嬰兒甚至胎兒紅細胞會發生同種免疫反應，即產生溶血狀態，血液中細胞被破壞，嬰兒甚至胎兒將會發生重症黃疸，核黃疸損害神經核造成腦癱。故又稱核黃疸性腦病。核黃疸的發病一般認爲是遊離膽紅素透過血腦屏障所致，因爲正常時膽紅素與血漿蛋白結合後不能透過血腦屏障。如果血中膽紅素產生過多，如溶血、敗血症等時，紅細胞大量被破壞或白蛋白量過低，就有一部分膽紅素沒能和白蛋白結合而成遊離狀態。這種遊離狀態的膽紅素容易通過血腦屏障，沉着於細胞膜和線粒體的生物膜上，與膜上的磷質結合，從而阻礙細胞的氧化磷酸化，導致細胞的壞死、變性。在臨牀上急性期就可引起大部分患者死亡。倖存的90%出現手足徐動症等錐體外系受損症狀或體徵。（2）遺傳因素：近年來的研究認爲，遺傳因素在腦癱中影響越來越重要，如近親有癲癇、腦癱及智能低下中的2種因素者佔腦癱的65%。還有就是染色體異常，常表現爲畸形、伴有肌張力異常和失調而構成許多綜合徵，如Down症等。（3）妊娠期其它因素：妊娠期的感染、理化因素、胎兒期的缺血缺氧症，以及母體營養障礙都可以影響胎兒。胎兒腦在妊娠前3-4個月內發育最快，這個期間若受損害比妊娠後期爲重，病變殘留程度不僅嚴重而且範圍亦廣泛。例如妊娠初期，母親被流行性感冒病毒等侵襲，可波及胎兒腦組織，重者生後即可能出現腦癱症狀；同樣妊娠8-9個月時患感冒，就沒有這樣嚴重了。
2、分娩因素：胎齡小於32周、臀先位、出生體重小於2000g及胎兒畸形是腦癱最重要的危險因素。窒息、羊膜炎、胎位異常及臍帶過短也爲重要高位因素。
3、出生後因素：新生兒驚厥是腦癱最重要的危險因素，在腦癱患兒中佔12.2%，出生體重小於2500g需要特殊護理者，新生兒呈抑制狀態是腦癱的重要因素。新生兒期呼吸窘迫綜合症和吸入性肺炎、敗血症、腦膜炎、血清膽紅素高於16mg/dl均與腦癱明顯相關，尤其是新生兒期經過全身應用抗生素者，患腦癱的風險相當高。另外隨着現代醫學的發展，新生兒重症監護（NICU）得以推廣，低出生體重兒成活率增加，低出生體重兒腦癱的患病率也相應增加。