安全期避孕法由於在排卵期掌握上的困難，推算出來的安全期有時不太可靠，因之有安全期避孕並不太安全的說法，具體表現在以下幾個方面：
(1)安全期避孕法是在目前對精子卵子認識的基礎上的一種理論解釋，也就是基於女子排卵有一定規律、排出的卵子能存活24小時，男方射出的精子能存活1-3天。然後用機械的辦法加以推算，避開精卵可能相遇的最多天數，就認爲是安全的了。但實際上迄今爲止對於精子在女性生殖道內存活及維持受精能力的時間，以及排出的卵子維持受孕能力的時間問題，瞭解得並不很清楚，目前爲主利用化驗測定激素水平及B超監測排卵也只是能測得排卵發生的日期，更何況平時掌握安全期是較粗略的推算某幾天可能是排卵期。勢必出現安全期估計的錯誤，從而導致避孕失敗。
(2)發生臨時額外排卵：安全期避孕法的推算只考慮女性在一個週期內發生一次排卵的情況，然而女性在某些時候可能發生額外的排卵現象沒有考慮(如性刺激而發生額外排卵)，也無法推算，這臨時的排卵也可能導致避孕失敗，這是安全期避孕不安全的又一因素。
(3)外界因素對排卵的影響：女性排卵的時間，受外界環境、氣候、本人的情緒以及健康狀態等因素影響，從而出現排卵推遲或提前，這時候女性根本無法知道，按照常規推算就會造成排卵期計算的錯誤造成意外懷孕。
安全期避孕，實踐中已經證明是一種最不安全的避孕方法，很多已婚夫婦採用這種避孕方式而導致避孕失敗。青少年女性多數月經週期還不能像成年人那樣規則，因此這種方法不適合。對於成年女性這種方法可做參考，建議結合安全期避孕的同時，兼用其他有效的避孕方式。有下述情況之一的已婚婦女不宜應用此法：
(1)月經週期不規則，或經常相差一週以上，較難掌握排卵規律者;
(2)探親期間;
(3)分娩後及哺乳期間月經和排卵尚不規律者，至少待恢復3次正常月經後才能應用;
(4)新婚夫婦;
(5)女性工作學習生活極不規律者，不能掌握自己的排卵情況時不宜應用;
(6)剛來初潮不久的少女。