首先，孕早期(特別是孕8周前)是胎兒各器官形成的關鍵時期，也是容易導致胎兒畸形的重要階段，通常是不需要B超檢查的。除非對下列情況：陰道流血及腹痛者，需排除異常妊娠，如宮外孕、葡萄胎、稽留流產。孕前或早孕時有盆腔包塊或子宮肌瘤的病人，需要B超檢查協助診斷，爲今後的治療提供依據。停經時間不清，根據症狀、體徵難正確估計孕周者。一般在孕10～13周檢查較爲合適。
孕中、晚期胎兒各器官已經形成，B超檢查還是相對比較安全的。從孕20周起就應定期進行B超檢查。孕20周左右觀察胎頭、脊柱、心臟、肺、胃腸、雙腎、膀胱、外生殖器、四肢。此時，胎兒四肢舒展，是四肢等大的畸形檢查的最佳時期。孕24～32周重點觀察胎兒鼻脣部、心臟，可發現鼻脣部、心臟的畸形情況。足月妊娠(孕37～41周)注重胎位、臍帶、羊水、胎盤分期、估計胎兒大小，臍血流了解胎兒安危。
此外，有下列高危因素的孕婦更有必要在24～28周進行胎兒超聲心動檢查：有先天性心臟病史者；母體患糖尿病、結締組織疾病；妊娠期母體接觸過特殊藥物或受到感染；母體酒精中毒；高齡孕婦及不正常孕產史；胎兒心律失常、胎兒水腫、染色體異常。
一般情況下孕期需做上述3～4次B超檢查就足夠了，但如果孕期出現腹痛、陰道流血、胎動頻繁、減少等異常及胎位不清，還需根據醫生檢查情況酌情B超檢