嬰兒肛門溼疹通常有遺傳因素在裏面，因此預防嬰兒肛門溼疹的根本措施就是治療好母親的肛門溼疹，另外一旦患有嬰兒肛門溼疹，可以通過日常飲食穿衣來加以調節治療。
嬰兒肛門溼疹是遺傳性過敏體質對環境中某些因素的過敏反應。目前多認爲與遺傳和免疫異常都有關。這種嬰兒常伴其他過敏性疾病，如過敏性鼻炎、哮喘性支氣管炎、蕁麻疹等疾病;多在出生後1個月左右出現，早的生後1～2周即出現皮疹，主要發生在兩個頰部、額部和下頜部，嚴重時可累及胸部和上臂。
嬰兒肛門溼疹的具體症狀是，開始時皮膚髮紅，上面有針頭大小的紅色丘疹，可出現水皰、膿皰、小糜爛面、潮溼、滲液，並可形成痂皮，痂脫落後下面是糜爛面，癒合後成紅斑。約數週至數月後水腫性紅斑開始消退，糜爛面消失，皮膚乾燥，呈現少許薄痂或鱗屑。
大部分嬰兒肛門溼疹，可能是緣於患兒對蛋白、魚和牛乳等食物中的某些大分子物質過敏。這些物質也可通過母親的乳汁傳給嬰兒。因此，本病較好發於營養好且肥胖的孩子或消化不良者。
爲了防止嬰兒肛門溼疹，一般在開始試用新的食物時，必須從少量開始，逐漸增加，如無過敏，經過7-10天后再增添另一種新的食物。如患兒過分肥胖，餵食過多過勤，就應該節制餵食的量和次數。如估計患兒對牛乳過敏，可在餵食前將牛乳多煮沸幾次，使牛乳蛋白變性，或者改喂人乳、羊乳、豆漿等。如果患兒對蛋白過敏，可只給蛋黃，或者先給予少量蛋白，再逐漸加多。
嬰兒肛門溼疹的原因及發病機理是較複雜的，近年有專家認爲溼疹可能由於血管低鈣性痙攣，局部供血不足，出現皮診、皮膚粗造、皮屑多。
因爲鈣參與神經道質的興奮和釋放，調節植物神經功能，有鎮靜作用、抗炎作用和降低血管通透性的作用，所以鈣劑在治療嬰兒肛門溼疹、蕁麻診方面有其他藥物所達不到的功能。
綜上所述，嬰兒肛門溼疹預防很重要。平時小兒內衣應穿鬆軟寬大的棉織品或細軟布料，不要穿化纖織物。內、外衣均忌羊毛織物，以及絨線衣衫。這些措施對於預防嬰兒肛門溼疹是很有效的。