多數病人預後良好，經數週、數月甚至遷延數年漸痊癒。少數呈暴發過程，因心源性休克或急性充血性心力衰竭於數小時或數日內死亡，個別病例因心律紊亂猝死。有少數病例轉成慢性，其中有的只有心電圖改變而無臨牀症狀，有的則心力衰竭遷延不愈，最後死亡。
慢性病例病程可遷延數年。本病能否由慢性炎症過程過渡到擴張型心肌病，尚無定論。曾報道新生兒柯薩病毒性心肌炎呈慢性經過。有人認爲慢性心肌炎可能潛在有病毒，在一定條件因素下活動，導致病情反覆，損害加重；或由於免疫機理引起發作。有人從死亡的擴張性心肌病患者的心肌中查出病毒抗原，心內膜心肌活檢也發現許多幼兒臨牀表現爲擴張型心肌病，而病理改變爲心肌炎，從而認爲部分擴張型心肌病是病毒性心肌炎的後果。
預後好壞主要取決於心肌病變的嚴重程度，並與以下因素有關：①感染病毒的型別，柯薩奇病毒B組3型所致的心肌炎較重，而A組9型較輕。②病人年齡，新生兒發病死亡率最高，年長兒預後較好。③病情復發者預後差。④心臟明顯增大發生心力衰竭者預後差。
心肌炎常識