中醫稱肛瘻爲“懸癰”、“坐馬癰”、“髒毒”等，多由肛管直腸周圍膿腫破裂，經久不愈而形成的肛門周圍的肉芽腫性管道。
目前多按肛管與括約肌的關係將肛瘻分爲4類：
1、括約肌間肛瘻 多爲低位肛瘻，最常見，約佔70%，爲肛管周圍膿腫的後果。瘻管只穿過內括約肌，外口常只有一個，距肛緣較近，約3～5cm。少數瘻管向上，在直腸環肌和縱肌之間形成盲端或穿入直腸形成高位括約肌間瘻。推薦閱讀：肛瘻症狀是怎麼樣的
2、經括約肌肛瘻 可以爲低位或高位肛瘻，約佔25%，爲坐骨直腸窩膿腫的後果。瘻管穿過內括約肌、外括約肌淺部和深部之間，外口常有數個，並有支管互相溝通。外口距肛緣較近，約5cm左右，少數瘻管向上穿過肛提肌到直腸旁結締組織內，形成骨盆直腸瘻。
3、括約肌上肛瘻 爲高位肛瘻，少見，佔5%。瘻管向上穿過肛提肌，然後向下至坐骨直腸窩穿透皮膚。由於瘻管常累及肛管直腸環，故治療較困難，常需分期手術。推薦閱讀：肛瘻怎麼治療最好
4、括約肌外肛瘻 最少見，佔1%，爲骨盆直腸膿腫合併坐骨直腸窩膿腫的後果。瘻管穿過肛提肌直接與直腸相通。這種肛瘻常由於克隆病、腸腫瘤或外傷所致，治療要注意其原發病竈。