肛管直腸瘻主要侵犯肛管，很少涉及直腸，故常稱爲肛瘻，是與會陰區皮膚相通的肉芽腫性管道，內口多位於齒線附近，外口位於肛周、皮膚處。整個瘻管壁由增厚的纖維組織組成，內復一層肉芽組織，經久不愈。發病率僅次於痔，多見於男性青壯年，可能與男性的性激素靶器官之一的皮脂腺分泌旺盛有關。
肛瘻常有肛周膿腫自行潰破或切開排膿的病史，此後傷口經久不愈，成爲肛瘻外口。主要症狀是反覆自外口流出少量膿液，污染內褲；有時膿液刺激肛周皮膚，有瘙癢感。若外口暫時封閉，膿液積存，局部呈紅腫，則有脹痛，封閉的外口可再穿破，或在附近穿破形成另一新外口，如此反覆發作，可形成多個外口，相互溝通。如瘻管引流通暢，則局部無疼痛，僅有輕微發脹不適，病人常不介意。
檢查：外口呈乳頭狀突起或肉芽組織的隆起，壓之有少量膿液流出，低位肛瘻常只有一個外口，若瘻管位置較淺，可在皮下摸到一硬索條，自外口通向肛管。高位肛瘻位置常較深，不易摸到瘻管，但外口常有多個。由於分泌物的刺激，肛周皮膚常增厚及發紅。
肛瘻的手術方法較多，大致歸納爲以下幾種：
①肛瘻切開和切除術：手術的目的是將肛瘻的內口、瘻管、外口、支管和瘢痕組織切開或切除。
②切斷肛管直腸環和括約肌：此手術可造成肛門失禁，因此，要注意以下兩點：
第一，必須與括約肌纖維的方向成直角切斷；
第二，一次不可切斷兩處，如需要切斷時，應分期手術，或一處切斷一處掛線。
③傷口一期植皮：切除瘻管、內口，止血修整傷口後，以溫鹽水沖洗傷口，取薄皮片覆蓋於傷口之上，並間斷縫合，加壓包紮，並控制大便排泄。
④掛線療法：即將膠圈由外口穿過瘻管，從內口穿出，緊緊結紮，使瘻管壁發生壞死，成爲開放性傷口，達到治癒的目的。
⑤藥捻療法：用清熱解毒、祛腐生肌的中藥做成藥捻，從瘻外口插入，使瘻管痊癒。
⑥姑息切除術：該手術不切斷外括約肌，適用於低位肌瘻和後方淺部蹄形肛瘻。
肛瘻的治療原則需根據肛裂發生的機理，以及肛瘻的解剖結構制訂。
①清除內口：手術時要找到原發的內口，並把感染的肛竇、肛門腺及其導管切除乾淨，這是肛瘻治療的關鍵。
②處理好瘻管及支管、死腔：要把瘻管的管道、支管、死腔等清除乾淨，以免術後復發。
③保留肛管直腸環：肛瘻手術時，應明確診斷，查明內口及瘻管走向，保留肛管直腸環，以維持正常的肛門括約功能。