每年4、5月份是小兒手足口病發病高峯期，部分患兒易併發心肌炎，此類患兒比單純的手足口病的患兒處理更爲棘手。
改善心肌代謝
維生素C 100～200mg/kg加5%葡萄糖20ml靜脈滴注，qd，急性期療程4周。維生素C有促進心肌病變的恢復、改善心功能、緩解症狀和糾正心源性休克的作用。
1,6-二磷酸果糖100～250mg/kg,靜脈滴注，療程10～14天，一般用2周，重者（暴發性心肌炎）可用3～4周。
口服輔酶Q10可保護心肌，每次10mg，3歲以下每日1次，3歲以上每日2次，餐後服用，療程3個月，注意部分患者長期服用可致皮疹，停藥後消失。
三磷酸腺苷(ATP)、輔酶A、細胞色素C(先作皮試)等也有改善心肌代謝作用。
腎上腺皮質激素
一般病例及輕型病例不主張應用，尤其在感染早期(起病18天內)一般不宜應用，因激素有抑制機體對病毒的免疫力。但有人主張重症病例仍需儘早應用，有抗炎、抗休克作用，可提高搶救成功率。有以下指徵可選擇應用：(1)心肌炎發生心源性休克時，可短期使用。(2)心肌炎時新出現的Ⅲ度房室傳導阻滯，短期應用。(3)心肌炎較嚴重，其他治療無效，可在嚴密保護下使用，注意防治感染。
常用腎上腺皮質激素爲：靜脈滴注氫化可的鬆5～10mg/kg或地塞米松0.3～0.6mg/kg，qd；好轉後改口服潑尼鬆(強的鬆)，劑量開始1～2mg/kg， qd，1～2周後減量。
抗心律失常
頻發早搏：如按照心肌炎常規治療後不消失者可加用抗心律失常藥物。
首選普羅帕酮（心律平）口服，每次5～7mg/kg，每6小時1次，2～4周後減量，後期可每次3mg/kg，每 8小時1次口服維持，總療程一般2～3月，個別病例減量後早搏復現，需用至半年以上。普羅帕酮無效者可選用以下藥物。
倍他樂克0.5～1.5mg/kg，分2～3次口服，注意血壓和心率。
或乙胺碘呋酮5～10mg/kg，分2～3次口服，注意監測甲狀腺功能。用藥期間定期做心電圖檢查，預防傳導阻滯等不良反應發生。
室性心動過速：多采用利多卡因靜脈滴注或推注，每次0.5～1mg/kg，無效者20～30分鐘後可重複應用，總量不超過5mg/kg。
抗病毒治療
早期嬰幼兒可用利巴韋林噴口腔和阿昔洛韋乳膏外塗,還要內服的雙黃連顆粒。重症病例可選用以下藥物：
1.干擾素α-2b（安福隆）：4歲以下每天100 萬U，4歲以上每天300 萬U，肌注，療程10～20天，河北醫大二院報道36 例用干擾素治療兒童心肌炎，在用藥10 天內心肌酶恢復正常者達83.33%，用藥20 天心肌酶全部恢復正常，無遷延不愈者。
2.利巴韋林：10～15mg/kg・d，分兩次肌內注射或靜脈注射。
3.更昔洛韋：對鉅細胞病毒感染所致的心肌炎更有效。2.5mg/kg靜滴，每8小時1次；或5mg/kg，每12小時1次，滴注時間爲1小時，連續用藥14～21天。口服：用於維持治療，5～10mg/kg，bid。
4.阿昔洛韋：5mg/kg靜脈滴注，tid，共5天。每次滴注時間在1小時以上。藥液的配製：取本品0.5g加入10ml注射用水中，使濃度爲50g/L,充分搖勻稱溶液後，再用氯化鈉注射液或5%葡萄糖注射液稀釋至至少100ml，使最後藥物濃度不超過7g/L,否則易引起靜脈炎。
其他藥物
人血免疫球蛋白：重者心肌炎（暴發性心肌炎）可用，有中和病毒抗體、提高免疫力等作用，可提高搶救成功率，一般1～2g/kg，緩慢靜脈輸注，2天內用完，但需注意心功能，以防短期內快速滴注而致肺水腫和心力衰竭。
維生素E：爲抗氧化劑，小劑量應用，每次5mg，3歲以下每日1次，3歲以上每日2次，療程1個月。
抗生素：急性期靜脈滴注青黴素（青黴素過敏者選用頭孢類或其他類抗生素）以清除體內潛在的細菌感染病竈，防止心肌炎復發或轉爲慢性心肌炎或心肌病，療程7～10天。
黃芪：可口服黃芪顆粒，有抗病毒、調節免疫等作用，每次4克，3歲以下每日1次，3歲以上每日2次，療程1～2個月。