治療方面，對於小兒病毒性心肌炎來講休息是相當重要的，活動和疲勞可使病情加重。對於心臟增大者，應該臥牀6個月左右，有心功能不全者，應絕對臥牀休息，以減輕心臟負擔。恢復期也應繼續限制活動，待病情穩定，再逐步增加活動量。西藥常用抗氧化劑及各種營養心肌藥，如大劑量維生素C、輔酶Q10、肌苷、能量合劑（三磷酸腺苷、輔酶A）、磷酸肌酸、1，6-二磷酸果糖等。
對於小兒病毒性心肌炎，中醫藥治療有獨到之處，在臨牀上也有較好的療效。病毒性心肌炎屬於中醫“心悸”、“胸痹”等範疇，治療上應根據患兒的不同症狀及不同病程辨證論治。黃芪是治療病毒性心肌炎最爲人所知的中藥，但不提倡不加辨證對所有病人都加用黃芪，尤其是兒童。
小兒病毒性心肌炎的早期，常常在心悸胸悶之外，尚存發熱惡寒、咳嗽咽痛等表證，中醫常辨證爲“邪熱犯心”，治療應清熱解毒養心爲主，常用方如銀翹散、五味消毒飲等。
部分患兒中醫辨證爲“痰瘀互結”，多有胸悶或胸痛，舌苔厚膩或舌質偏暗，常用栝樓薤白半夏湯合失笑散等。中成藥可用複方丹蔘滴丸等，也可用複方丹蔘針靜滴。
對於“心陽虛弱”症，患兒多有西醫“心衰”的症狀，常用桂甘龍骨牡蠣湯，參附湯等治療，可加用參附註射液，以及配合西醫搶救。病毒性心肌炎的後期患兒常有虛證，如果辨證爲心氣不足，在心悸胸悶之外常有氣短懶言，乏力等，常用四君子湯合炙甘草湯；如果是心陰不足，則有口乾舌燥、舌紅無苔等陰虛症狀，常用生脈散合炙甘草湯等。如患兒合併心律失常，中成藥方面也可加用穩心顆粒、參鬆養心膠囊等針對性治療心律失常的中成藥。