早期治療是改善肝癌預後的最主要因素早期肝癌應儘量採取手術切除對不能切除的大肝癌亦可採用多模式的綜合治療。
(一)手術治療 肝癌的治療仍以手術切除爲首選早期切除是提高生存率的關鍵腫瘤越小五年生存率越高手術適應證爲：①診斷明確估計病變侷限於一葉或半肝者;②無明顯黃疸腹水或遠處轉移者;③肝功能代償尚好凝血酶時間不低於50%者;④心肝腎功能耐受者在肝功能正常者肝切除量不超過70%;中度肝硬化者不超過50%或僅能作左半肝切除;嚴重肝硬化者不能作肝葉切除手術和病理證實約80%以上肝癌合併肝硬化公認以局部切除代替規則性肝葉切除無期效果相同而術後肝功能紊亂減輕手術死亡率亦降低由於根治切除仍有相當高的複發率故術後宜定期複查AFP及超聲顯象以監察復發。
由於根治切除術後隨訪密切，故常檢測到“亞臨牀期”復發的小肝癌乃以再手術爲首選，第二次手術後五年生存率仍可達38.7%。肝移植術雖不失爲治療肝癌的一種方法，國外報道較多，但在治療肝癌中的地位長期未得到證實，術後長期免疫抑制劑的應用，病人常死於復發，對發展中國家由於供體來源及費用問題，近年仍難以推廣。
姑息性外科治療 適於較大腫瘤或散在分佈或靠近大血管區或合併肝硬化限制而無法切除者方法有肝動脈結紮和(或)肝動脈插管化療冷凍激光治療微波治療術中肝動脈栓塞治療或無水酒精瘤內注射等有時可使腫瘤縮小血清AFP下降爲二步切除提供機會。
(二)肝動脈化療栓塞術 (TACE) 這是80年代發展的一種微創的腫瘤治療方法對肝癌有很好療效被推薦爲非手術療法中的首選方案，多采用栓塞劑混合化療藥栓塞營養腫瘤血管，使腫瘤病竈缺血縮小壞死；化療藥常用CDDP、5-Fu 、CF、EPI、CHTP；常用栓塞劑碘化油（LUF）、明膠海綿、海藻酸鈉微球等。肝動脈栓塞化療應反覆多次治療效果較好。根據某院資料345例不能手術切除的較大肝癌單純肝動脈灌注化療一年生存率僅爲11.1%合併肝動脈栓塞治療一年生存率提高到65.2%隨訪生存最長52月，30例腫瘤縮小獲手術切除機會，對肝功能嚴重失代償者此法屬禁忌；門脈主幹瘤栓阻塞者亦不相宜。
(三)無水酒精瘤內注射 超聲引導下經皮肝穿刺於腫瘤內注入無水酒精治療肝癌以腫瘤直徑≤3cm結節數在3個以內者伴有肝硬化而不能手術的肝癌爲首選對小肝癌有可能治癒，直徑≥5cm效果差。
(四)放射治療由於放射源放射設備和技術的進步各種影像學檢查的準確定位使放射治療在肝癌治療中地位有所提高，療效亦有所改善，放射治療適於腫瘤仍侷限的不能切除肝癌，通常如能耐受較大劑量其療效也較好，外放射治療經歷全肝放射、局部放射、全肝移動條放射、局部超分割放射、立體放射總量超過近有用質子作肝癌放射治療者有報道放射總量超過40Gy(4000rads容氣量)合用理氣健脾中藥使一年生存率達72.7%，五年生存率達10%，與手術化療綜合治療可起殺滅殘癌之作用，化療亦可輔助放療起增敏作用，肝動脈內注射Y-90微球、131I-碘化油或同位素標記的單克隆抗體等可起內放射治療作用。
(五)化療對肝癌較爲有效的藥物以順鉑(CDDP)爲首選，常用的還有氟尿嘧啶(5-Fu)、阿黴素(ADM)及其衍生物、絲裂黴素(MMC)、依託泊苷(VP16)和氨甲喋呤（MTX）等。一般認爲單個藥物靜脈給藥療效較差採用肝動脈給藥和(或)栓塞以及配合內外放射治療應用較多，效果較明顯。對某些中晚期肝癌，無手術指徵且門靜脈主幹癌栓阻塞。不宜肝動脈介入治療者和某些姑息性手術後患者，可採用聯合或序貫化療常用聯合方案，爲順氯氨鉑20mg+5Fu750mg～100mg靜脈滴注共5天，每月一次，3～4次爲一療程；阿黴素40～60mg第一天，繼以5Fu500mg～750mg靜脈滴注連續5天，每月一次，連續3～4次爲一療程；上述方案效果評價不一。經常在化療期間或間歇使用扶正類中藥提高病人的免疫能力，以增強化療效果。
(六)多模式的綜合治療是近年對中期大肝癌積極有效的治療方法有時使不能切除的大肝癌轉變爲可切除的較小肝癌。其方法有多種，一般多以肝動脈結紮加肝動脈插管化療的二聯方式爲基礎加，外放射治療爲三聯，如合併免疫治療四聯以三聯以上效果最佳經多模式綜合治療患者腫瘤縮小率達31%。因腫瘤明顯縮小獲二步切除，二步切除率達38.1%。上海醫科大學肝癌研究所亦曾研究超分割放療及導向治療超分割外放射和肝動脈插管化療聯合治療的方法是：第一週肝動脈導管內化療順氯氨鉑每日20mg連續3天，第二週肝腫瘤區局部外放射上、下午各2.5Gy(250rads)連續3天；二週爲一療程。如此隔週交替可重複3～4個療程，導向治療以131I-抗肝癌鐵蛋白抗體或抗肝癌單克隆抗體或131I-lipiodol肝動脈導管內注射，每隔1～2月一次，治療間期動脈內化療灌注CDDP 20mg每日一次連續3～5天，若上述治療同時加免疫治療，如干擾素、香菇多糖、白介素-2等則更佳。
(七)導向治療應用特異性抗體和單克隆抗體或親腫瘤的化學藥物爲載體標記核素或與化療藥物或免疫毒素交聯進行特異性導向治療是有希望的療法之一臨牀已採用的抗體有抗人肝癌蛋白抗體抗人肝癌單克隆抗體抗甲胎蛋白單克隆抗體等“彈頭”除131I、125I外已試用90Y，此外毒蛋白和化療藥物與抗體的交聯人源單抗或基因工程抗體等正在研究中。
(八)免疫治療 適用於小肝癌或手術及其他治療後的殘癌，但中、晚期肝癌也可使用，部分病例有一定療效。肝癌免疫治療近年來使用較多的爲干擾素、白介素-2、淋巴因子激活殺傷(LAIO細胞、腫瘤浸潤淋巴細胞(TIL)等。LAK細胞治療療效優於單IL-2，擴增TIL治療療效也優於IL-2的療效。
(九)中醫藥治療
中草藥抗癌適用於晚期肝癌患者和肝功能嚴重失代償無法耐受其他治療者，可起改善機體全身狀況延長生命的作用亦可配合手術、放療和化療以減少不良反應提高療效。
綜上所述早期肝癌宜早手術切除；不能切除者首選肝動脈栓塞化療；無水酒精瘤內注射適用於肝功能欠佳不宜手術的小肝癌，有可能起根治效果；中期大肝癌宜採用肝動脈插管結紮爲主的多模式治療或肝動脈栓塞化療，以殺傷腫瘤細胞減少腫瘤負荷，待腫瘤縮小後爭取二步或序貫手術切除；晚期肝癌以中草藥爲主的中西綜合治療，可望改善症狀延長生存期，導向治療已取得初步成功，基因治療已前景在望。