小兒齒狀線距肛緣位置較成人近，擦洗肛周時動作宜輕柔，否則可以損傷肛隱窩，腹瀉時糞便易填塞於肛隱窩內，從而增加感染的可能。而臨牀診治過程中有很多診斷爲複雜性肛瘻的患者，均爲患者擔心因手術損傷肛門功能而延誤治療所治。
男小兒肛瘻，外口爲皮膚，形成肉芽後暫時關閉，內口進入的細菌和糞便在引流不暢時，局部形成膿腫，破潰減壓後可再次癒合，反覆發作形成 複雜性感染性肉芽瘻。女性小兒肛瘻，肛瘻內口多爲黏膜組織，易使瘻管內層黏膜化，成爲永久性肛瘻。女性舟狀窩部位的直腸陰道間隔僅5MM，極薄弱疏長，直 腸陰道間隔的厚度增加，直腸陰道修補的成功率會增加，必要時可以選擇肌瓣或網膜加強直腸陰道間隔。
嬰幼兒肛瘻怎麼辦？
番禺瑪莉亞醫院肛腸專家吳少宏主任介紹到，由於小兒肛瘻管道較爲短淺，排膿後症狀可很快減輕，並多數可自愈，部分患兒隨年齡增長而自愈，因此，一般主張不行手術治療。
對此，應對症處理，每日清潔肛門並坐浴，適當使用抗生素及外用藥膏，消炎消腫，控制和減少肛周膿腫的發生，加速自愈。對反覆發作不能自愈的患兒，要擇期至能承受手術時，再進行手術治療，手術年齡以5～10歲爲宜。
嬰幼兒肛瘻發病部位多在肛門兩側，瘻管多呈淺在、單純、垂直。複雜而瘻深的較少，有部分患兒未治可自愈，待成人後可再發。