近年來由於影像診斷的發展，單純依賴AFP診斷肝癌的標準，已經不能夠滿足對於AFP陰性的病例檢查。
在1977年的肝癌診斷標準中曾有一個單獨依賴AFP診斷肝癌的標準。其表述爲“AFP>400μg/L，持續4周，並能排除妊娠、活動性肝病、生殖腺胚胎源性腫瘤及轉移性肝癌者，即可診斷爲原發性肝癌”。這個標準是爲了適應當時在大規模的肝癌普查中篩選AFP高濃度的病例所設。
真正符合上述標準的病例絕大多數爲原發性肝癌，不過執行起來並不容易，因爲活動性肝病就不易排除。而且，肝癌的診斷應包括定性診斷與定位診斷兩個部分，即使按上述標準診斷了肝癌，但肝癌不能定位則無法進行手術切除、放射治療、局部酒精注射等療法。診斷的目的是治療，若不能適應治療的需要，診斷就不能視爲完善。所以在1999年的第四屆全國肝癌學術會議上原則通過了一個新的肝癌診斷標準，具體如下。
一：甲胎蛋白AFP≥400μg/l，能排除妊娠、生殖系胚胎源性腫瘤、活動性肝病及轉移性肝癌，並能觸及腫大、堅硬及有大結節狀腫塊的肝臟或影像學檢查有肝癌特徵的佔位性病變者。
二：甲胎蛋白AFP＜400μg/l能排除妊娠、生殖系胚胎源性腫瘤、活動性肝病及轉移性肝癌，並有兩種影像學檢查有肝癌特徵的佔位性病變或有兩種肝癌標誌物（dcp、ggt、afu及 ca19-9等）陽性及一種影像學檢查有肝癌特徵的佔位性病變者。
三：有肝癌的臨牀表現並有肯定的肝外轉移病竈（包括肉眼可見的血性腹水或在其中發現癌細胞）並能排除轉移性肝癌者。
此標準的第一條是在AFP陽性的基礎上加上了影像學檢查有肝癌特徵性佔位性病變。這就符合定性、定位兩個方面的要求。當然AFP陽性還需排除假陽性、有佔位性病變還需具有肝癌的特徵，應該是準確的。
第二條的意思爲AFP不論其增高還是正常，皆應有兩種影像診斷或兩種肝癌標誌物陽性加上一種影像診斷的證據。近年在臨牀工作中發現AFP陰性的病例不斷增多，這一條的設置是十分必要的。由於未能有AFP陽性這樣一個有力的診斷依據，所以在影像診斷方面應尋求更多的證據。或再增加其它肝癌標誌物的診斷依據，不過其它肝癌標誌物診斷的特異性不及AFP，所以要求至少有兩種較爲可靠的標誌物陽性，其目的自然是爲了增加診斷的可靠性。
第三條爲晚期肝癌所設，肝癌的症狀體徵已經明確，加上轉移病竈，診斷也就比較可靠了。