造成男性不育的原因很多，但不一定每一位不育男土都可以找到原因，約有3成的不育男士是不確定原因，但整體來說，環境的污染，壓力的增加、飲食改變致使肥胖人口增加，以及先天或幼年的疾病傷害等，都和男性不育有密切關係。男性不育的原因有很多，大致可分下列幾類：
遺傳基因：遺傳基因造成男性不育最常見的是囊狀纖維化，其精蟲先天纖毛活動差；或是先天無輸精管也會不孕；還有先天性染色體異常，例如多了一個X染色體或是多一個Y染色體，都會造成男性不孕。先天染色體異常中的發生率約1/500，因爲多了一個X染色體，所以出生時睾丸就此較小，而體型發育偏像女性，乳房發育比較大、手較長、睾丸、陰莖都比較小等。
感染症：如果小時候感染腮腺炎，發生不育的機率也會提高，如果小時候是兩側腮腺炎，其發生不育的機率是1/10；此外，長大後如果感染性病，如淋病、滴蟲等，也可能造成輸精管發炎而阻塞，最後造成不育。
外傷：有些男性不育是因爲小時候受傷，傷及睾丸而造成睾丸萎縮；有些則是睾丸跑到腹股溝，而影響到精蟲製造，研究指出，單側隱睾症不育機率約10％，而如兩側隱睾症，其機率則高達30％。
開刀：小時候因爲疝氣開刀，如果手術不當傷及輸精管，也可能在日後發生不育。
精索靜脈曲張：在男性不育的原因裏，精索靜脈曲張約佔了3至4成的比率。精索靜脈曲張會造成不育，主要是因血液的鬱積使得睾丸溫度上升，而影響睾丸產生精子的能力。不過，精索靜脈曲張也是男性不育中治療效果最好的，在接受外科手術治療後，70％的患者的精液品質可獲得改善，受育率則提高至40―50％。
全身性的疾病：如糖尿病、高血壓、肝功能不佳、腎功能衰竭、血液疾病等也都可能影響精蟲的品質，造成不育。
不良生活習慣：抽菸、喝酒、吸毒、藥物濫用都可能造成不育。香菸中的尼古丁會影響精蟲的品質，同時抽菸也會造成血管的痙攣、狹窄，造成血液循環不佳，影響睾丸功能，酗酒也是如此。吸毒者或者可卡因成癮者，研究也都證實會影響精蟲的品質。
荷爾蒙異常：男性荷爾蒙下降或是泌乳素太高都可能影響精蟲品質。此外，研究也發現，生活壓力過大、生活作息失調者也都會使泌乳素升高造成不育。
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