男性身體上的疾病會造成精子質量下降，在精子質量出現的問題中，有一些全身性疾病，是不可忽視的。全身性疾病，是指具有影響全身功能的消耗性疾病。這些疾病，常常引起睾丸造精功能異常，發生男性不育症。因此，當檢查發現精液異常的時候，要進行細緻的疾病，先確定病因，不可僅僅使用單純的生精方法。
一些全身性疾病可以損害男性生育力，從而引起男性不育症。在現實生活中，糖尿病和一些神經性疾病可以導致陽痿和射精異常，並可損害精子生成和附屬性腺功能，因此也會引起不育。這些疾病引發的不育症，診斷比較容易，只要出現陽痿、射精異常，就應該系統檢查，看看是不是全身性疾病。
一些慢性消耗性疾病，也會導致男性不育症。常見的結核性的附睾炎、前列腺炎可影響精子的運輸，引起男性不育。之外，腎功能衰竭、肝臟疾患、部分腫瘤以及其他不常見的代謝性疾病，均可引起男性不育症。
酗酒引起的全身多臟器的疾病，例如酒精性肝炎等，可間接損害睾丸，導致男性不育。高熱對男性不育的影響也不容易忽視，超過38.5℃的長時間高熱，可以持續抑制精子的發生長達半年以上。據我們臨牀觀察，不同疾病、不同發病狀況和持續時間所導致的危害程度不同，一次嚴重的瘧疾引起的高熱，對精子所造成的危害遠遠高於一次流感對精子的影響。一般情況下，高熱對精子的影響程度，與高熱的溫度高低、時間成正比。因此，當男性特別是沒有生育的男性來說，一定要注意控制高熱的發生與持續。
全身性疾病引發的精子質量低下，在治療上同樣以提高精子數量、增強精子活力、促進精子活率爲主，大部分患者可以通過治療恢復生育能力。