肛門溼疹的病因複雜且多變，由多種因素相互影響引起病症，包括生物的外界因素、物理的、化學的和機體內在的精神神經失衡，代謝功能障礙，器官功能失調，表現於臨牀是一種非特異性變態反應，難以確認某一單純因素引發溼疹，也難以用排除某一因素而使症狀緩解而痊癒。
肛門溼疹病因分原發性和繼發性兩種，前者原因不明，後者多由肛瘻、肛裂等炎症或分泌物刺激所致。常見因素有下列幾種：
一、變態反應
這是發病的主要原因，有內在和外在方面，如病竈感染、致敏的食物、藥物或接觸某些致敏物品。
二、疾病因素
在某些疾病如內分泌失調、營養不良、消化功能紊亂、腸道寄生蟲病等的患病過程中，病人對某些過敏性物質感受性增強容易誘發。
三、局部病變
如痔、肛瘻、肛裂、肛門失禁等疾病的慢性炎症刺激，也可誘發。
四、刺激性因素
肛門直接受到碘酒、酒精、強酸強鹼等刺激而誘發溼疹。
五、神經功能障礙及內分泌失調
因過度疲勞、精神緊張、憂鬱、失眠等也可誘發肛門溼疹。