一、流膿：是主要症狀，膿液多少與瘻管長短，多少有關，新生瘻管流膿較多，分泌物刺激皮膚而瘙癢不適，當外口阻塞或假性癒合，瘻管內膿液積存，局部腫脹疼痛，甚至發熱，以後封閉的瘻口破潰，症狀方始消失。肛瘻外口流出少量膿性、血性、粘液性分泌物爲主要症狀。較大的高位肛瘻，因瘻管位於括約肌外，不受括約肌控制，常有糞便及氣體排出。
二、疼痛：瘻管通暢無炎症時常不感疼痛，只感覺局部發脹和不適，行走時加重。當瘻管感染或膿液排出不暢而腫脹發炎時，可引起疼痛。內瘻時常感到直腸下部和肛門部灼熱不適，排糞時感到疼痛。
三、排便不暢：複雜性肛瘻口久不愈，可引起肛門直腸周圍形成大的纖維化瘢痕或環狀的條索，影響肛門的舒張和閉合，大便時感到困難，有便意不盡的感覺。
四、瘙癢：由於膿液不斷刺激肛周皮膚，常感覺瘙癢，肛周潮溼不適，皮膚變色、表皮脫落，纖維組織增生和增厚，有時形成溼疹。
五、全身症狀：在急性炎症期和複雜性肛瘻反覆發作時，可出現不同程度的發熱、或伴有消瘦、貧血、體虛等長期慢性消耗症狀。