1、扁桃體周圍膿腫：扁桃體周圍膿腫是扁桃體炎較常見的併發症，且慢性扁桃體炎反覆急性發作者更易發生。炎症因扁桃體隱窩阻塞而向扁桃體深部發展，直至穿透扁桃體被膜，進入扁桃體周圍間隙，形成蜂窩織炎，繼而形成膿腫。小兒因爲扁桃體隱窩較表淺，被膜較厚且緻密，不易發生扁周膿腫。
2、咽後膿腫及咽旁膿腫：炎症波及咽喉間隙或咽旁間隙，引起相應區域的膿腫形成。二者均可引起喉水腫等嚴重的併發症，故一旦發生，應高度重視。
3、急性關節炎：常侵犯肩、肘及膝關節，小關節受累較少。受累關節運動時感疼痛，僅當併發風溼性關節炎時方出現關節腫脹。
4、腎臟疾病：如急性鏈球菌感染後腎小球腎炎及IgA腎病。前者多發生於急性扁桃體炎發作後2～3周，後者則常發生於發作後3～5天。另外，還可併發急性尿道炎、急性睾丸炎及附睾炎等。
5、風溼熱：其症狀常發生於急性扁桃體炎發作後1～3周後，也可發生於急性炎症期。
6、循環系統疾病：可引起急性心包炎、急性心內膜炎、急性心肌炎或急性全心炎。在急性扁桃體炎後出現風溼熱者，心臟併發症尤爲多見。
7、膿毒血癥、亞急性甲狀腺炎、急性腹膜炎、急性闌尾炎或急性膽囊炎等。