1、 單純性複發性口腔潰瘍：是—種最常見的具有反覆發作特徵的口腔黏膜潰瘍性損害。多發生於青壯年。脣、頰、舌尖、舌邊緣等處黏膜好發。最初，口腔黏膜充血 (發紅)、水腫(略隆起)，出現小米粒大小的紅點，很快破潰成圓形或橢圓形潰瘍，中央略凹下，表面有灰黃色的苔，周圍有狹窄紅暈。有自發性劇烈燒灼痛，遇刺激疼痛加劇，影響病人說話與進食。一般無明顯全身症狀。而白塞病是一種全身性疾病，不僅有口腔潰瘍，而且有眼部病變、外陰潰瘍和針刺反應等。
2、風溼、類風溼性疾病：白塞氏病會導致人體關節受損，從而出現關節炎、關節腫痛等現象，這些症狀與風溼、類風溼疾病症狀相似，一些白塞氏病患者以爲是得了關節疾病而到骨科醫院去治療，導致白塞氏病得不到及時治療，延誤病情。
3、 強直性脊柱炎：無口腔潰瘍，常常HLA-B27陽性，嚴重或晚期者可出現脊柱強直，脊椎關節呈竹節樣改變，可與白塞病區別。
4、瑞特綜合徵：該病也可有眼結膜炎及葡萄膜炎、關節炎、皮膚黏膜病變，易與白塞病相混淆，但改病陰部潰瘍較白塞病更深，皮疹以蠣殼樣、銀屑病和皮膚角化病爲主，系統損害輕，無針刺反應和靜脈炎。
5、克羅恩病：又稱侷限性腸炎或階段性腸炎，與慢性非特異性潰瘍性結腸炎通稱爲炎症性腸病。可有眼葡萄膜炎、皮膚紅斑結節、黏膜潰瘍及關節疼痛等，主要表現爲消化道節段性的潰瘍或增生，腸道內可呈鋪路卵石樣改變，主要爲乙狀結腸的病變，可以由下向上發展至迴腸，有人稱之爲“倒灌性迴腸炎”。