診斷的主要依據是該病的症狀、體徵和臨牀檢查等。
1.症狀表現：反覆性口腔潰瘍、皮膚疾患和各類型的葡萄膜炎。外陰或生殖器潰瘍等，或伴關節疼痛、皮膚結節性紅斑等。
2.身體體徵：關節炎，胃腸道疾病，血管炎及神經系統疾病。
3.臨牀表現：血沉加快，血清C一反應蛋白陽性，人類白細胞抗原HLADB5 陽性。 在臨牀中，白塞氏病應與單純性口腔潰瘍、瑞特綜合徵、強直性脊柱炎、克隆病、炎症性腸病相鑑別。1、單純性口腔潰瘍是—種最常見的具有反覆發作特徵的口腔粘膜潰瘍性損害，而白塞病是一種全身性疾病，不僅有口腔潰瘍，而且有眼部病變、會陰潰瘍和針刺反應等。2、瑞特綜合徵雖可有口腔潰瘍、龜頭炎及結膜炎，但無針刺反應和靜脈炎。3、強直性脊柱炎的基本病變是附着點炎。常常HLA— B27陽性，嚴重或晚期者出現脊柱強直，脊椎關節呈竹節樣改變，可與白塞病區別。4、克隆病可有口腔潰瘍，主要表現爲消化道節段性的潰瘍或增生，腸道內可呈鋪路卵石樣改變；潰瘍性結腸炎表現爲下消化道的潰瘍，主要爲乙狀結腸的病變，可以由下向上發展至迴腸，有人稱之爲“倒灌性迴腸炎”。 5、炎症性腸病的病人多有較嚴重的腹瀉，大便爲膿血樣。而且X線或纖維結腸鏡檢查可以輔助診斷，並與白塞病鑑別。另外白塞氏病還應與伴有視網膜血管炎的葡萄膜炎、伴有前房膿性前葡萄膜炎，梅毒和淋病相鑑別，