自發性感染在單純性腎囊腫中罕見，而一旦發生就難以同腎癰鑑別。有時囊腫內可出血，突然發生時，可引起劇痛，出血可來自囊腫壁上伴發的癌腫。囊腫位於腎下極並緊貼輸尿管時，可加重腎盂積水，而尿液對腎盂的壓迫可引起背痛。這種梗阻還可以使腎臟發生感染。 當囊腫併發感染時，應加強抗菌素治療，儘管Muther和Bennett1980年發現囊液中抗菌素所能達到的濃度很低。因而常常需行經此穿刺引流。經此穿刺引流失敗的話，採取手術切除囊腫壁的腎外部分並引流，也被證明療效頗佳。發生腎積水時，切除引起梗阻的囊腫壁可以解除輸尿管梗阻。
累及腎臟的腎盂腎炎提示存在尿路梗阻，繼而輸尿管引流不通暢。切除囊腫後，自然就緩解了尿路壓力從而使抗菌治療更爲有效。
飲食療法
如明確診斷，可考慮保留囊腫，畢竟囊腫損害腎臟的情形罕見。
當前醫學水平還沒有治療腎囊腫的特效方法。對於小的腎囊腫，無症狀時不需要做任何治療，但要定期複查，觀察囊腫是否繼續增大。無症狀者應經常進行尿液檢查，包括尿常規、尿培養，每半年至一年進行一次腎功能檢查，包括內生肌酐清除率。由於感染是該病惡化的重要原因，所以若非十分必要，不要進行尿路創傷性檢查。腎囊腫穿刺作用不大，不僅易於感染，易於復發，而且經過長期觀察，該術也不能延緩腎功能損壞的發生。手術切除囊腫也不是一件容易的事，因爲腎表面的囊腫可以切掉，但要切掉埋在腎臟深部的囊腫就相當困難。腫物較大且有惡變可能時，可以進行手術探查，如果證實爲良性囊腫，可將腎表面的囊壁切除，邊緣用腸線與腎實質連續縫合，殘留囊壁塗以碘酊。一側腎實質廣泛破壞，對側腎功能正常者，可行腎切除術。
特殊治療
當排泄性尿路造影，腎斷層X線攝影術，超聲影象及CT仍未能做出最一診斷，可選擇作血管造影，而經皮囊腫穿刺抽吸則作爲下一步診斷手段，這既可在X線熒光屏監視下也可在超聲影象監測下進行。發現清亮的囊液是令人鼓舞的徵象，但抽吸液仍應做細胞學檢查。還應測定其脂肪含量，脂肪含量增高則符合腫瘤的診斷。
隨後將囊液充分引流，並代這以造影劑。接着在不同體位下攝片，以顯示囊壁光滑度，有無贅生物存在。抽出造影劑前，將3ml碘酯脂注入囊腔內，這將減少液體再積聚引起的改變。Bean 1981年介紹了將95%酒精注入空囊內，用這種方法，他在29例患者中只發現1例復發。若只單純將囊腫抽空，則約大部分會復發。若抽吸液爲血性，可考慮手術探查，因此時病變嚴重，甚至已發生癌變。
當診斷仍有疑問時，可考慮手術探查。Ambrose等1971年在大多數已確診爲囊腫時，仍寧願手術探查。在他們所行55例手術中。5例被證實已有癌變，佔9%。通常只將囊腫的腎外部分切除。若腎臟嚴重受損時，腎切除也是適應症，但這很少見。
併發症的治療
腎囊腫的飲食療法－腎囊腫的治療專欄 腎囊腫的飲食療法 1.要注意過鹹類不吃（包括醃製類）、辛辣刺激類不吃（包括辣椒、酒類、蝦、蟹等）、被污染的不吃（包括腐爛變質的，剩飯剩菜等）、燒烤類不吃，而腎功能不全或發生尿毒症者還應注意豆類及其製品不吃、限制動物類高蛋白食品、油膩類食品等。
2.水的攝入:各種腎臟疾病由於發病原因不同，病程不同，治療措施也不相同。在輕度腎衰時，由於腎臟濃縮功能下降，體內代謝產物需要較多的水分才能從腎臟排出，因此，腎臟病如無明顯的水腫、心衰、高血壓時，不應盲目限水。特別提醒的是那些慢性腎衰的病人，不要認爲腎衰就得嚴格限制水分，如果過分限水反易加重腎功能惡化。 3.食鹽的攝入:控制食鹽時，根據病人病情和腎功能程度作調整，並非所有的慢性腎功能不全病人都要嚴格限鹽。
4.注意休息，避免劇烈的體力活動和腹部創傷，腎臟腫大比較明顯時宜用吊帶代替腰帶，以免引起囊腫破裂；一般半年複查一次（包括血壓、尿常規、腎功能和B超）；避免一切腎毒性藥物；親屬（父母、兄弟姐妹和子女）作B超檢查。 5.講營養腎囊腫患者宜食含優質蛋白質高的食物，注意高纖維、高維素食物的補充及低脂肪、適當的糖飲食。 6.不偏食，五穀雜糧、新鮮蔬菜和水果、牛、羊、豬的瘦肉、禽蛋類、牛奶、魚蝦等均可食用。
使用超聲影象及CT掃描使單純性腎囊腫診斷極爲精確。在每年複查腫腫，觀察其大小、形態及內部質地的變化時，超聲影象不失爲一種好方法。有癌變表現時，可行CT掃描，需確診的話，隨後可穿刺抽吸囊液。大多數囊腫預後較好。 腎囊腫包括單發性腎囊腫、先天性多囊腎和先天性多發性腎囊腫等。患者平時沒有什麼症狀，僅通過B超檢查發現腎臟上長一個或數個囊腫。少數人也可以長多個囊腫，但雙側同時存在囊腫者少見。這種囊腫的壁很薄，囊內爲澄清帶黃色的液體，囊腫大多爲核桃大小。腎囊腫發生原因還不十分清楚，一般認爲屬於腎臟退行性變，因而發病者多爲老年人。小的囊腫不會引起任何症狀。近來由於B超檢查的廣泛開展，所以發現有腎囊腫者也增多了。
1、治癒 腎囊腫、體徵、症狀消失。 2、好轉 腎囊腫縮小2／3以上，仍有不同程度的症狀、體症存在。 3、無效 腎囊腫的大小、症狀和體症與術前無變化或有加重。