除非臨牀上已有明確遠處轉移的證據，否則目前肝癌的臨牀處置，仍然考慮以手術切除爲主的優先治療方式。臺灣地區各大醫學中心的統計指出：當肝癌很小，在病人尚未出現症狀時即予手術，其5年存活率一般可在50％上下；但如等到出現症狀後才處理時，臨牀上則只有63％勉強可以手術切除，且這些病人的5年存活率僅有5％左右。之所以約有一半小肝癌病人於接受手術治療後，仍然無法存活5年之久的原因乃在於：病人肝功能的持續衰退，肝硬化愈演愈烈而導致嚴重的併發症，以及肝癌細胞的復發或轉移等。
除了外科手術切除之外，肝動脈血管栓塞術(trans arterial embolization，TAE)，也是臺灣地區治療肝癌的重要方式。此治療必須先將一條細管自大腿腹股溝處之股動脈插入，再循血流往上深入到達最靠近肝癌腫瘤塊的細小肝動脈分支後，單獨注入油性栓塞性物質，或混以化療藥物(如多柔比星)，以達到栓塞補給肝癌營養之血管的目的。
近年來，對於肝癌直徑<3cm的腫瘤塊，也可以在腹部超聲波檢查的指引之下，瞄準肝癌腫瘤經皮以特製的長針從體外注射特殊的抗癌藥物，如高純度乙醇(pure alcoho1)，使肝癌細胞壞死。至於晚期性肝癌的化學治療，海內外雖經多年的臨牀努力與研究，迄今仍少見有任何重大突破的發生。在衆多已被測試使用過的化療藥物中，靜脈注射多柔比星仍然是迄今最受推薦的治療方式。其雖可收到15%～23％的治療有效率，也可能控制疾病一段時間，但卻無能根治晚期性肝癌。