尿道炎是一種較難治療的泌尿疾病，一是多病菌混合感染，主要有衣原體、支原體、滴蟲、皰疹病毒、念球菌、淋球菌等，決定了簡單的抗菌治療難以收效。二是多器官交叉感染。細菌或病毒除可引起尿道炎症外，導致尿道炎的致病菌侵入尿道後，常隱伏於尿道內，尤其是後尿道並進入尿道隱窩、尿道旁腺、前列腺及精囊部，也可侵入輸精管、附睾及睾丸，引起前列腺炎、精囊炎、附睾炎、膀胱炎等一系列併發症。這決定局部單一方法治療效果甚微，因此，綜合治療纔是防止尿道炎反覆的關鍵。
二、治療尿道炎：
不少人對尿道炎的治療缺乏全面瞭解，以爲消消炎、吃點抗菌素就行了。南京長征男科（ ）的醫生提醒：這是一種非常有害的認識，表面化的治療雖然可能使症狀得到暫時緩解，但離臨牀治癒的標準相差甚遠。因此，在通過化驗室的檢查後可做出相應的藥物敏感實驗，找到高效、有針對性的藥物徹底殺菌，纔是最佳的方法。根據病原體行藥物治療。慢性尿道炎應當去除誘因，例如尿道狹窄、包莖等。對菌下藥就對了，依照不同的細菌施以不同的抗生素和治療模式，且一定要治療完全，否則的話當轉爲慢性時就非常容易再發作，特別在抵抗力差或喝酒時，復發更是容易。尿道炎若因爲性接觸而感染的時候，建議性伴侶雙方要一同接受治療，以免治療好一方後又讓另一位感染，不能真正斷根治療尿道炎。