一般來說，慢性的疾病都是不容易治癒，反反覆覆，慢性非淋菌性尿道炎也不例外。因此，很多患者對慢性非淋菌性尿道炎的治療失去信心，聽之任之。久而久之就引發一系列的併發症。
慢性非淋菌性尿道炎是指由淋菌以外的其它病原體主要是沙眼衣原體、尿素分解支原體所引起的尿道炎。女性引起的併發症通常有子宮內膜炎、輸卵管炎等併發症。對於尿道癢疼不適、會陰肛門墜脹疼、小腹脹疼等症狀明顯存在，但化驗結果是陰性的慢性非淋菌性尿道炎患者也要特別引起重要。
由於出現大量耐藥菌，慢性非淋菌性尿道炎的治療難度就更加大。如感染上了支、衣原體病菌，病菌在身上已經產生了高度耐藥性。如果這個人再把病菌傳給另一個人，這個人同樣對抗生素也是高度耐藥。這就使得一開始用抗生素來治療慢性非淋菌性尿道炎無效，也是慢性非淋菌性尿道炎病人數增多的重要原因。
虹橋婦科專家建議，患者平時應注意公共浴堂的衛生，不洗盆塘，衣服要單獨存放。