嬰兒的免疫系統尚未發展成熟，沒有足夠的抵抗力對抗外來的細菌及微生物，若省略奶瓶和奶嘴的消毒工作，容易受病菌感染。病菌可經由食物傳播，所以嬰兒奶瓶和奶嘴必需徹底消毒。
消毒前的準備消毒之前，先要將每件器具清洗乾淨。這個步驟非常重要，因爲奶瓶、奶嘴只有在清洗乾淨後才能徹底消毒。簡單的沖洗並不足夠，因爲極微細的食物殘渣，都可能成爲病菌繁殖的溫牀。
以下是我們建議的最佳處理程序：
- 餐後將奶瓶、奶嘴及配件徹底洗淨
- 將奶嘴裏外洗刷乾淨
- 刷洗奶瓶的時候必須使用專用的奶瓶刷。奶瓶刷可以伸進奶瓶，把各個角落清洗乾淨。特別要注意瓶頸和螺旋處。
- 清潔奶嘴的時候不用另外使用清潔劑。
- 再用清水沖洗乾淨。需要特別留意清洗奶嘴孔，並用水衝過洞孔，確保沒有食物殘餘。
- 如果有奶漬凝結在奶嘴上，則可以用熱水泡一會，等奶漬變軟以後再用奶嘴刷刷掉。
- 保持奶嘴上的出奶孔通暢。奶嘴每天至少消毒一次。
- 所有器具最少每天消毒一次，最好在早上進行
- 所有器具都清洗乾淨後便可進行消毒
- 新買來的奶嘴、奶瓶一定要仔細清洗，並且經過消毒。
沸水消毒是一種有效殺死病菌的方法，父母經常會在衛生、消毒的過程中遇上困難。一般建議將奶嘴放在沸水裏煮兩至三分鐘消毒，但是，很多父母都不容易掌握住恰當的時間，不是煮得時間過長，要不就是時間過短。
奶嘴不應煮得太久，這樣會令表面黏性增加，出現細孔，加速物料老化。如果器具沒有完全浸泡在水中，或表面積聚氣泡，結果就會跟煮沸時間不足時一樣。這樣或許可以減緩物料老化，但是，卻不能徹底且有效的殺死病菌。
不同材質的奶瓶方法不同。
玻璃奶瓶消毒法步驟
- 將洗淨的玻璃奶瓶放入不鏽鋼鍋中，加適量冷水，水量需蓋過奶瓶蓋上鍋蓋放置爐上加熱。
- 待奶瓶煮沸10～15分鐘後，再放入奶嘴、奶嘴固定圈、奶瓶蓋。再煮3～5分鐘即可。(奶瓶夾另煮沸消毒)
- 冷卻後以消毒過的奶瓶夾夾起所有食器，並置於乾淨通風處，倒扣瀝乾。
塑料(Pc)奶瓶消毒步驟
- 煮一鍋水，待水滾後，再將奶瓶、奶嘴、奶嘴固定圈、奶瓶蓋一起放入。
- 再煮3～5分鐘即可。
- 最後以消毒過的奶瓶夾夾起所有食器，並置於乾淨通風處，倒扣瀝乾。
沸水消毒奶瓶、奶嘴時應注意的事項：
- 先將清水煮沸，再放入要消毒的奶瓶和奶嘴
- 確保所有器具都完全浸泡在水中
- 確保鍋裏有足夠清水
- 消毒時一定要有人在場，以免發生危險
使用蒸汽消毒鍋是最好的消毒方法，更對環境無害。
水蒸汽能有效殺死病菌，無需加入任何化學品。奶瓶、奶嘴上不會殘留化學品，不會影響嬰兒健康。也因爲減少使用化學品，更有助保護環境。您只需要使用蒸汽消毒鍋以及普通自來水(或蒸餾水便可)。
蒸汽消毒鍋消毒是最簡單方便的方式。
以下是我們建議的最佳處理程序：
- 先徹底清洗奶瓶、奶嘴和旋轉蓋
- 將奶嘴裏外洗刷，並用清水沖洗乾淨
- 將70ml的水倒入發熱底盤
- 將奶瓶放進下籃框，瓶口朝下，其他細小配件如奶嘴、旋轉蓋等可放進上籃框，將上下籃框疊起。蓋上蓋子，輕按啓動按鈕。
- 當中由水變成之蒸氣可達95-97°C，足以殺滅有害細菌。
- 蒸氣亦會從四周均勻地蔓延並進行消毒程序。消毒過程完成後，清毒鍋之指示燈會自動關掉。(約12分鐘)
蒸汽消毒方法在一般家庭仍未被廣泛使用。但數十年以來，醫院每天都使用類似的方法消毒器具，成效顯著。傳統的沸水消毒法會令奶嘴表面黏性和洞孔增加，已經不合時宜了。
使用蒸汽消毒，不但令奶嘴更持久耐用，奶瓶上的圖案也能更有效地保存。所有器具都可存放在消毒鍋內，既衛生，又無塵。隨鍋附贈的奶瓶夾可避免用手直接接觸器具，減少污染。